Печать

TBEV Analyzer 2.0 является информационно-аналитическим интернет-ресурсом, не имеющего аналогов в мире. Данный ресурс был специально разработан для изучения генетической изменчивости, популяционной структуры и географического распределения вируса клещевого энцефалита (ВКЭ) на территории Евразии. С концептуальным содержанием ресурса можно ознакомиться в работе Forghani M. et al.,2019.

Фундаментальной основой TBEV Analyzer является кластеронный подход, который был разработан относительно недавно (Kovalev S. and Mukhacheva T., 2013). Введение понятия "кластерон" оказался настолько удачным, что  в комбинации с филогенетическим анализом удалось дифферинцировать ВКЭ на субтипы, филогенетические линии и отдельные кластероны (клоны и клональные группы), а также ответить на злободневные вопросы касающиеся происхождения, распространения и эволюции вируса.

Несмотря на очевидные преимущества, у кластеронного подхода был один серьезный недостаток, который мешал его широкому применению. Речь идет о большой трудоемкости этого подхода - использование  громандного массива нуклеотидных последовательностей ВКЭ, а также применение ряда программных продуктов.  TBEV Analyzer предназначен для  разгрузки исследователей от рутинных операций и выдачи за считаные минуты требуемой информации. Конечно, TBEV Analyzer пока далек от совершенства, но главное он уже умеет идентифицирвать изоляты вируса по фрагменту генома и определять их систематическое положение в пределах ВКЭ.

Одним из достоинства TBEV Analyzer является наличие карты с территориальным распределением изолятов ВКЭ, принадлежащих разным кластеронам Сибирского субтипа, причем на ней можно увидеть географию как отдельных кластеронов, так и их групп пределах филогенетических линий. 

 

Forghani, M., Kovalev, S., Vasev, P., & Bolkov, M. (2019, October). TBEV Analyzer: a Platform for Evolutionary Analysis of Tick-borne Encephalitis Virus. In 2019 International Multi-Conference on Engineering, Computer and Information Sciences (SIBIRCON) (pp. 0397-0402). IEEE. Published online: 16 January 2020. DOI: 10.1109/SIBIRCON48586.2019.8958021

Kovalev S.Y., Mukhacheva T.A. Clusteron structure of tick-borne encephalitis virus populations // Infect Genet Evol. – 2013. – V.14(1). – p. 22-28. Available online 27 November 2012. DOI:10.1016/j.meegid.2012.10.011