!Памятка по сбору иксодовых клещей!

TBEV Analyzer 2.0


 02.09.2022 Уважаемые друзья и гости сайта! Только что была опубликована наша статья: M. Forghani, S. Kovalev, V. Dedkov, E. Ramsay and M. Bolkov, "Introducing OHFV Analyzer, a Tool for Automated Analysis of Omsk Hemorrhagic Fever Virus Dynamics," 2022 Ural-Siberian Conference on Computational Technologies in Cognitive Science, Genomics and Biomedicine (CSGB), 2022, pp. 190-193, doi: 10.1109/CSGB56354.2022.9865415.


Viral population surveillance is an essential task in public health, especially in preventing pandemics. The Omsk hemorrhagic fever virus (OHFV) is an etiological agent which is close to tick-borne encephalitis virus. Mainly, it is geographically limited to western Siberian regions, including Omsk, Novosibirsk, Kurgan, and Tyumen. Earlier, we presented an online platform, TBEV-Analyzer, for analysis and monitoring of TBEV. That platform relies on a model called clusteron structure, constructed based on phylogenetic networks. Using that experience, we introduce here OHFV Analyzer, an online analytical platform designed for specifically monitoring the Omsk hemorrhagic fever virus. The platform can automatically determine the phylogenetic history of a query strain based on analysis of a specific E protein fragment. In addition, the platform provides the specific amino acid signature of the clusteron to which the query belongs and presents a visualization of it superimposed on the envelope glycoprotein surface. We believe the proposed platform can serve as an exploratory tool for OHFV monitoring while helping to better understand the pathogen's genetic diversity and evolutionary history.


01.09.2022 Уважаемые друзья и гости сайта! Поздравляем с Днем знаний и началом учебного года!



05.05.2022 Уважаемые друзья и гости сайта! С Днём Победы! Пусть мужество и героизм этого великого праздника никогда и никем не забываются. Пусть дух победы воодушевляет сердца и ведёт вперёд — к новым подвигам, успехам и достижениям.

Источник: https://sdelairukami.ru/originalnye-pozdravleniya-s-9-maya-korotkie-sms-stihi-proza/


30.04.2022   Уважаемые друзья и гости сайта! С поздравляем с 1 Мая! Праздником Весны и Труда!


 11.01.2022 Уважаемые друзья и гости сайта! Только что была опубликована наша статья: OMSK HEMORRHAGIC FEVER VIRUS IS A TICK-BORNE ENCEPHALITIS VIRUS ADAPTED TO MUSKRAT THROUGH HOST-JUMPING First published: 09 January 2022


Omsk hemorrhagic fever was first described in the early 1940s and is a natural focal infection, spread exclusively in four regions of Western Siberia and associated with muskrat (Ondatra zibethicus). The etiological agent of this disease is the Omsk hemorrhagic fever virus (OHFV) which is closely related to the tick-borne encephalitis virus (TBEV), and its range entirely lies within the TBEV area. OHFV belongs to the mammalian tick-borne flaviviruses and the ecological group of arboviruses. The problem concerning the origin of OHFV remains unresolved to date. This work analyzed all nucleotide sequences of the OHFV genome obtained in the present study and available in GenBank, including the E gene fragment and the amino acid sequences of the surface glycoprotein encoded by it. The conclusions, based on the clusteron approach, suggest that OHFV originated directly from the TBEV of the Far Eastern subtype due to the host-jump phenomenon, that is, through a rapid change from an arthropod host, Ixodes persulcatus, to a rodent, O. zibethicus. The muskrat was introduced to Western Siberia in the second half of the 1930s. The peculiarities of the biology and ecology of the muskrat in the new habitat became the reason for the TBEV cross-species transmission. Calculations show that host-jumping occurred between 1931 and 1947 and accompanied a cascade of adaptive amino acid substitutions in protein E. As a result, the virus changed its transmission to contact, alimentary, and airborne routes. Based on the data obtained, OHFV would be more correctly attributed to zoonotic viruses transmitted by rodents and, accordingly, to the ecological group of roboviruses.


30.12.2021 Коллектив ЛМГ поздравляет С Новым годом! Пусть этот год принесет нам много счастья, удачи, улыбок, тепла и света. Пусть он будет полон ярких красок, приятных впечатлений и радостных событий. Желаю всем в новом году быть здоровыми, красивыми, любимыми и успешными!



27.11.2021 Коллектив ЛМГ УрФУ от всей души поздравляет магистранта Елену Мазурину с Поощрительной премией XXIV Областного конкурса студенческих научных работ "Научный Олимп" в номинации "Естественные науки"!!! Желаем процветания и успехов в профессиональной деятельности!


01.11.2021 Уважаемые друзья и гости сайта! Только что была опубликована наша статья:


Viral surveillance is an essential task in public health that yields specific data, such as biological and epidemiological characteristics, crucial in the fight against viruses. We have recently developed an online platform for monitoring of Tick-Borne Encephalitis Virus, TBEV Analyzer, equipped with phylogenetic analysis and geographic map visualization functions. The phylogenetic analysis employs the clusteron approach, which has been earlier proposed by one of the authors of this paper. The analysis is based on a genetic pattern and provides three-fold hierarchical information about subtype, phylogenetic lineage, and clusteron. A clusteron is a group of TBEV strains with identical amino acid sequences of the glycoprotein E fragment, as a rule phylogeographically close, and having a certain type of territorial distribution. We enhance the algorithms and quality of visualization by integrating our platform with the GenBank database, adding a heat map distribution, and providing more details in the analysis report. To demonstrate the performance of the upgraded system, we analyze recent strains published in GenBank and compare them with the results of the manual analysis performed by a specialist. The results show that the system can rapidly and accurately determine query strain characteristics. This suggests possible applications in the field of public health.


14.06.2021 Уважаемые друзья и гости сайта! Вы можете ознакомиться с преринтом нашей статьи: Robert Rollins, Kozue Sato, Minoru Nakao, Mohammed Tawfeeq Fernanda Herrera-Mesıas, Ricardo Pereira, Sergey Kovalev, Gabriele Margos, Volker Fingerle, Hiroki Kawabata, and Noemie Becker // Out of Asia? Vector switches leading to the expansion of Eurasian Lyme disease bacteria Authorea. June 12, 2021. DOI: 10.22541/au.162349910.03254322/v1


Vector-borne pathogens exist in obligate transmission cycles between vector and reservoir host species. Host shifts can lead to geographic expansion and the emergence of new diseases. Three etiological agents of human Lyme borreliosis (Borrelia afzelii, Borrelia bavariensis, and Borrelia garinii) predominantly utilize two distinct tick species as vectors in Asia (Ixodes persulcatus) and Europe (Ixodes ricinus) but how and in which order they colonized each continent remains unknown. Here, by reconstructing the evolutionary history of 142 Eurasian isolates, we show that all three Borrelia genospecies evolved from an Asian origin, suggesting that successful expansion into Europe resulted through invading a novel vector. The pattern of gene flow between continents is different between genospecies and most likely conditioned by reservoir host association and their dispersal. Our results highlight that Eurasian Lyme borreliosis agents are all capable of geographic expansion through vector shifts, but potentially differ in their capacity as emergent pathogens.

04.06.2021 Уважаемые друзья и гости сайта! Только что была опубликована наша статья - препринт   Kovalev SY, Yakimenko VV Kama virus (KAMV) is an atypical representative of the seabird tick-borne flaviviruses // Virus Genes (2021), Available online 04 June 2021, In Press, Journal Pre-proof. DOI: https://doi.org/10.1007/s11262-021-01849-6


According to modern classification, tick-borne flaviviruses have been divided into a mammalian tick-borne virus group and a seabird tick-borne virus group (STBVG). The STBVG includes the Tyuleniy virus, Meaban virus, Saumarez Reef virus, and the recently discovered Kama virus (KAMV). The latter was isolated from Ixodes lividus, an obligate parasitic tick of the sand martin (Riparia riparia), in 1989 in the central part of the Russian Plain. In 2014, based on molecular genetic analysis, it was shown that KAMV is a new virus belonging to STBVG, genus Flavivirus, fam. Flaviviridae. Very little is known about the Kama virus concerning its range, vectors, and reservoir hosts. GenBank contains a single sequence of the complete genome of this virus. In the present study, the complete genome sequences of two strains, isolated in 1983 in the Omsk region (Western Siberia) from gamasid mites in the nests of rooks (Corvus frugilegus), have been determined. Phylogenetic analyses of their genomes showed a close relationship both with each other (approx. 98.9% nucleotide identity) and with KAMV isolated in European Russia (approx. 98.4% nucleotide identity). The ecological features of KAMV that are due to the species of the vector (gamasid mites) and its hosts (colonial birds of the mainland of Eurasia) indicate that KAMV is an atypical representative STBVG.


09.05.2021 Уважаемые друзья и гости сайта! С Днем Победы! Желаем, чтобы над головой всегда было мирное небо, чтобы этот мир каждый день дарил только счастье, радость, веселые улыбки и звонкий смех детей. Пусть отголоски войны останутся только в книгах и фильмах, пусть в сердцах наших живет гордость за подвиги героев Отечества.


30.04.2021 Уважаемые друзья и гости сайта! С Первомаем! Пусть любая работа всегда будет в удовольствие и по плечу, а отдых — головокружительным и запоминающимся. Хорошего настроения, гармонии, энергии, вдохновения, веселья, только радостных событий, больших и маленьких побед каждый день!


01.01.2021 Уважаемые друзья и гости сайта! Пусть Новый год подарит вам множество возможностей, наполнит каждый ваш день радостью, превратить ваши мечты в реальность, а все ваши усилия — в отличные результаты. С Новым годом!



22.12.2020 Уважаемые друзья и гости сайта! Только что была опубликована наша статья - препринт  SY Kovalev, EA Mazurina, VV Yakimenko Molecular variability and genetic structure of Omsk hemorrhagic fever virus, based on analysis of the complete genome sequences // Ticks and Tick-borne Diseases. Available online 16 December 2020, 101627. In Press, Journal Pre-proof.


Omsk hemorrhagic fever virus (OHFV) is the etiological agent of Omsk hemorrhagic fever, a disease described in the 1940s in Western Siberia. However, until now, it has been represented in GenBank by just four complete genome sequences, which does not reflect the real genetic diversity of the virus in nature. In this study, we analyzed the molecular variability and genetic structure of OHFV based on 20 complete genome sequences, fifteen of which were obtained for the first time. All these sequences belong to virus strains isolated at different times from three regions of Western Siberia. The results suggest that the genetic diversity of OHFV is significantly wider than previously thought and is represented by at least three subtypes, rather than two. This broadens our understanding of the evolutionary history of OHFV. Also, it is argued that the OHFV reference strain Bogoluvovska (NC_005062) is actually a Kubrin strain and that either cross-contamination or a laboratory error was the cause of this.


19.10.2020 Поздравляем родной университет с 100-летним  юбилеем!

Долгих лет благополучия и процветания!!!UrFU_10007.07.2020 Мы поздравляем Мазурину Елену с окончанием УрФУ! Это важное событие, которое открывает двери в жизнь! Пусть диплом будет пропуском на хорошую и интересную работу! Желаем успешной карьеры и доброго пути!



01.06.2020 Уважаемые друзья и гости сайта! Исследователями из Германии при нашем участии была опубликована статья - препринт  Becker NS, RE Rollins, K Nosenko, A Paulus, S Martin, S Krebs, A Takano, K Sato, SY Kovalev, H Kawabata, V Fingerle, G Margos High conservation combined with high plasticity: genomics and evolution of Borrelia bavariensis // Preprint from , 26 May 2020


Background Borrelia bavariensis is one of the agents of Lyme Borreliosis (or Lyme disease) in Eurasia. The genome of the Borrelia burgdorferi sensu lato species complex, that includes B. bavariensis, is known to be very complex and fragmented making the assembly of whole genomes with next-generation sequencing data a challenge. Results We present a genome reconstruction for 33 B. bavariensis isolates from Eurasia based on long-read (Pacific Bioscience, for three isolates) and short-read (Illumina) data. We show that the combination of both sequencing techniques allows proper genome reconstruction of all plasmids in most cases but us e of a very close reference is necessary when only short-read sequencing data is available. B. bavariensis genomes combine a high degree of genetic conservation with high plasticity: all isolates share the main chromosome and five plasmids, but the repertoire of other plasmids is highly variable. In addition to plasmid losses and gains through horizontal transfer, we also observe several fusions between plasmids. Although European isolates of B. bavariensis have little diversity in genome content, there is some geographic structure to this variation. In contrast, each Asian isolate has a unique plasmid repertoire and we observe no geographically based differences between Japanese and Russian isolates. Comparing the genomes of Asian and European populations of B. bavariensis suggest s that some genes which are markedly different between the two populations may be good candidates for adaptation to the tick vector, (Ixodes ricinus in Europe and I. persulcatus in Asia). Conclusions We present the characterization of genomes of a large sample of B. bavariensis isolates and show that their plasmid content is highly variable. This study opens the way for genomic studies seeking to understand host and vector adaptation as well as human pathogenicity in Eurasian Lyme borreliosis agents.


23.04.2020 Уважаемые друзья и гости сайта! Сегодня вышла обновленная версия информационного-аналитичского ресурса TBEV Analyzer 2.0 для изучения генетической, популяционной и географической структуры вируса клещевого энцефалита (ВКЭ). Ресурс прежде всего предназначен для специалистов вирусологов, молекулярных биологов, сотрудников служб Роспотребнадзора, а также для всех тех, кто интересуется вопросами происхождения, распространения и эволюции ВКЭ.


07.02.2020 Уважаемые друзья и гости сайта! Сегодня в журнале Infection, Genetics and Evolution по результатам нашей работы былa опубликована online статья "Phylogeographical diversity of Anaplasma phagocytophilum in the Asian part of Russia based on multilocus sequence typing and analysis of the ankA gene(https://doi.org/10.1016/j.meegid.2020.104234).


Anaplasma phagocytophilum is a tick-transmitted bacterium that replicates in neutrophil granulocytes and elicits febrile disease in humans and animals; it is widely distributed in the Americas, Europe, Africa, and Asia. A. phagocytophilum is commonly regarded as a single species, but several genetic variants with distinct host distribution and geographical origin have been described. In a previous study, we used multilocus sequence typing (MLST) to characterize 25 A. phagocytophilum strains from Ixodes spp. ticks collected in the Asian part of Russia. The obtained concatenated sequences formed two separate clades reflecting their Asiatic origin and/or the vector species. As one of the clades was related to A. phagocytophilum strains from European voles and shrews, we here extended our analysis to seven samples from the northern red-backed vole Myodes rutilus and included 38 additional strains of Asiatic origin from Ixodes persulcatus, I. pavlovskyi, and their hybrids. Further, the ankA gene was sequenced in 59 A. phagocytophilum strains from ticks and voles. The Russian strains belonged to the two new MLST clusters 5 (38/70) and 6 (32/70), previously referred to as clades within clusters 1 and 3, respectively. The total number of sequence types (STs) found was 27 including 12 new STs. The ankA sequences were unique and formed two new clusters: cluster 8 (34/59) and cluster 10 (25/59). The concordance between MLST and ankA-based typing was 100%. This means that at least two distinct genetic groups of A. phagocytophilum circulate in the Asian Part of Russia whose reservoir hosts and transmission cycles have to be further elucidated.


23.01.2020  Уважаемые друзья и гости сайта! 16 января была опубликована он-line наша статья TBEV Analyzer: a Platform for Evolutionary Analysis of Tick-borne Encephalitis Virus. In 2019 International Multi-Conference on Engineering, Computer and Information Sciences (SIBIRCON) (pp. 0397-0402). IEEE. Published online: 16 January 2020. DOI: 10.1109/SIBIRCON48586.2019.8958021


Tick-borne encephalitis virus (TBEV) is a causative agent an extremely dangerous infectious disease, often characterized by damage to the central nervous system, which sometimes leads to serious health problems, such as disability and even death. Currently, there is no global organized platform that could help researchers to study the virus, understand its evolution and localization, conduct a variety of modern mathematical and phylogenetic analyzes, automatically draw conclusions and visualize them for interpretation and decision making. Such a system could lead, as a result, to more effective actions for predicting the virus evolution. In this paper, we propose an online platform called TBEV analyzer which serves as an analytical tool in two directions - fundamental research on the virus evolution and the solution of practical problems related to public health. The platform has been developed specifically for virologists, molecular epidemiologists, evolutionists and other researchers who work with tick-borne encephalitis virus. The platform has two major benefits: first, it allows the user to concentrate on the result of analysis without concerning about computational aspects, and second, with reproducibility of system, it provides unique results associated with specific target query.


27.12.2019  Коллектив Лаборатории молекулярной генетики скренне поздравляет Вас с наступающим Новым годом! Желает Вам в грядущем году быть в окружении исключительно положительных и доброжелательных людей, переживать только приятные эмоции, радоваться каждому прожитому дню, дарить радость и улыбки окружающим. И пусть этот Новый год станет для Вас особенным!!!


 21.05.2019 Лаботория молекулярной генетики приглашает к взаимовыгодному сотрудничеству исследователей, научные лабораторатории, региональные и областные подразделения службы Роспотребнадзора, а также другие заинтересованные организации не только из РФ, но, также из стран ближнего зарубежья для проведения научных работ по изучению генетического разнообразия возбудителей природно-очаговых инфекций. Предпочтительным объектом исследования являются клещевые флавивирусы, в частности, вирус клещевого энцефалита. Форма сотрудничества может быть разнообразной: написание и реализация  научных грантов, выполнениие конкретного заказ-наряда на проведение исследования (при условии финансирования), инициативные проекты, при условии если тема представляет особый научный интерес (в последнем случае наша лаборатория найдет средства для ее реализации). Надеемся на плодотворное сотрудничество.  

Выражаем благодарность всем тем, кто откликнулся на наше предложение! Мы остановили свой выбор на тех, кто заинтересовал нас, как в плане возможности финансовой поддержки, так и важности получаемых результатов. К сожалению, мы временно (на пару лет) будем недоступны для сотрудничества. Спасибо за понимание.       


19.03.2019 Уважаемые друзья и гости сайта! Сегодня  в журнале Ticks and tick-borne diseases по результатам нашей работы былa опубликована online статья "Asian isolates of Anaplasma phagocytophilum: Multilocus sequence typing(https://doi.org/10.1016/j.ttbdis.2019.03.011). В настоящей статье впервые предеставлены результаты мультилокусного сиквенс-типирования Anaplasma phagocytophilum, выделенных из азиатской части  России.



Anaplasma phagocytophilum is the bacterial agent of granulocytic anaplasmosis in humans and animals; it is widely distributed in Eurasia and North America and transmitted mainly by Ixodes ticks. Several approaches have been used to study genetic diversity in A. phagocytophilum, multilocus sequence typing (MLST) currently being the most reliable and comparable. The MLST method based on seven housekeeping loci, 2877 bp total length, has been used to create and maintain the MLST database available worldwide (https://pubmlst.org/aphagocytophilum/). Before this study, the database contained 150 sequence types (STs) and 418 isolates, 397 of them originating from Europe and 21 from the USA, with none from Asia. We typed 25 A. phagocytophilum isolated from Ixodes ticks collected in the Asian part of Russia and compared the results with the conventional 16S rRNA typing. Substantial variability in the primer binding sites was found, so we had to modify the original primers for six out of seven loci. None of the sequences obtained matched those from the database; 15 new STs and 39 new alleles were revealed. Russian isolates belonged to two clusters, cluster 1 (19 isolates) and 3 (6 isolates), in both of which they formed separate clades. For the first time, we found A. phagocytophilum isolates from Ixodes persulcatus and I. pavlovskyi to belong to cluster 3, previously containing only the strains from voles and shrews. Further research is needed to estimate the prevalence of two MLST clusters of A. phagocytophilum in ticks and vertebrate hosts in Asia.


27.12.2018 Коллектив лаборатории молекулярной генетики поздравляет преподавателей, студентов, а также коллег по цеху с Новым годом!

Мы желаем счастья, денег
И улыбки на лице,
Свежих мыслей, направлений,
Чтоб новую поставить цель.



29.06.2018 Вот и настал самый главный день - вручение дипломов об окончании Alma Mater! 


15.06.2018 Коллектив лаборатории молекулярной генетики от всей души поздравляет Марию Михайлищеву и Дарью Шаихову с отличной защитой магистерских диссертаций!


20.05.2018 Уважаемые друзья, коллеги и читатели нашего сайта! Наконец-то вышел долгожданный приказ Минобрнауки о выдаче мне - руководителю лаборатории молекулярной генетики Ковалеву Сергею Юрьевичу - диплома доктора биологических наук №487/нк от 07 мая 2018.

Успешно закончилась драматическая история защиты докторской диссертации, длившаяся почти три года. Выражаю глубокую признательность всем тем, кто поддерживал меня несмотря ни на что, все эти годы! За это время мне пришлось пройти три диссертационных совета, встретиться с множеством докторов наук, ощутить на себе проявление многих человеческих качеств - от великодушия, веры в человека и принципиальности до трусости, предательства и подлости. В целом, я оцениваю этот период как настоящую школу жизни, из которой я вышел духовно окрепшим, с верой в собственные силы и в то дело, которому посвятил последние 15 лет. В ближайшем будущем я обязательно расскажу эту занимательную историю - возможно, для кого-то она будет поучительной. 


07.05.2018 Уважаемые друзья, коллеги и читатели нашего сайта! Поздравляем Всех с праздником! Никто не забыт и ничто не забыто!!!


07.03.2018 Лаборатория молекулярной генетики поздравляет всех сотрудниц кафедры эксперимаентальной биологии и биотехнологий с наступающим международным женским Днем 8 Марта!



05.03.2018 Уважаемые друзья и гости сайта! Сегодня online в журнале Ticks and tick-borne diseases по результатам нашей работы было опубликовано краткое сообщение Molecular features of Ixodes kazakstani: first results (https://doi.org/10.1016/j.ttbdis.2018.02.019)В статье впервые приводится молекулярно-генетическая характеристика иксодового клеща Ixodes kazakstani, который считается близким родственником клещей комплекса Ixodes persulcatus, однако в данной статье мы приводим доказательства того, что дело обстоит несколько иначе, чем представлялось ранее. Надо отметить, что данная публикация является началом цикла работ по молекулярной систематике иксодовых клещей группы Ixodes ricinus.


Ticks of the Ixodes ricinus group are important vectors of human pathogens in both Eurasia and North America; therefore, many studies have focused on their molecular systematics and evolutionary relationships. However, there are species that have not been characterized by molecular genetic methods so far. For the first time, we obtained nucleotide sequences of two nuclear and three mitochondrial genetic markers from four museum specimen of I. kazakstani Olenev et Sorokoumov, 1934, collected in Kyrgyzstan. The phylogenetic analysis showed that I. kazakstani undoubtedly belongs to the I. ricinus group but is not closely related to I. persulcatus, as was expected. Further studies of the genetic features of I. kazakstani, presumably an intermediate between Nearctic and Palearctic species, would elucidate the evolutionary relationships between tick species within the I. ricinus group.


29.12.2017 Дорогие друзья и гости сайта, поздравляем вас с Новым годом! Желаем много радости и смеха, улыбок, искренности и добра! Пусть счастьем и достатком наполняются ваши дома. Будьте здоровы, всегда с великолепным настроением, и пусть в Новом году все самые сокровенные мечты исполнятся! С праздником!


 01.12.2017 Поздравляем Шаихову Дарью, магистранта 2 года обучения, с вручением стипендии первого Президента России Б.Н. Ельцина и желаем дальнейших успехов!



26.10.2017 Уважаемые друзья и гости сайта! Сегодня было опубликовано наше письмо редактору журнала Ticks and tick-borne diseases под названием An improved real-time PCR method to identify hybrids between Ixodes persulcatus and Ixodes ricinus ticks (https://doi.org/10.1016/j.ttbdis.2017.10.011). Информация содержащаяся в нем является дополненнием к ранее опубликованной в этом же журнале нашей статье Natural hybridization between Ixodes ricinus and I. persulcatus ticks evidenced by molecular genetics methods. Нам удалось упростить метод PCR в реальном времени и поднять его чувствительность для выявления гибридов и беккроссов между этими видами клещей.  


In 2016, we identified genetic hybrids between Ixodes persulcatus and Ixodes ricinus collected in their sympatric zone in Estonia. We acknowledge that the real-time PCR method used in the original article was two-stage, therefore time-consuming, and suffered from decreased sensitivity due to the use of common primers. In this letter, we propose a modified method overcoming these drawbacks.


18.09.2017 Уважаемые друзья и гости сайта! Для всех, кто следит за нашими публикациями, сообщаем хорошую новость - только что вышла наша новая статья: Reconsidering the classification of tick-borne encephalitis virus within the Siberian subtype gives new insights into its evolutionary history в журнале Infection, Genetics and Evolution (https://doi.org/10.1016/j.meegid.2017.09.014). Данной статьей мы завершаем первый этап работы по определению структуры популяций вируса клещевого энцефалита и его эволюционной истории.


 Tick-borne encephalitis is widespread in Eurasia and transmitted by Ixodes ticks. Classification of its causative agent, tick-borne encephalitis virus (TBEV), includes three subtypes, namely Far-Eastern, European, and Siberian (TBEV-Sib), as well as a group of 886-84-like strains with uncertain taxonomic status. TBEV-Sib is subdivided into three phylogenetic lineages: Baltic, Asian, and South-Siberian. A reason to reconsider TBEV-Sib classification was the analysis of 186 nucleotide sequences of an E gene fragment submitted to GenBank during the last two years. Within the South-Siberian lineage, we have identified a distinct group with prototype strains Aina and Vasilchenko as an individual lineage named East-Siberian. The analysis of reclassified lineages has promoted a new model of the evolutionary history of TBEV-Sib lineages and TBEV-Sib as a whole. Moreover, we present arguments supporting separation of 886-84-like strains into an individual TBEV subtype, which we propose to name Baikalian (TBEV-Bkl).


01.09.2017 Уважаемые студенты и преподаватели! Поздравляю нас всех с 1 сентября. После жарких летних каникул мы, отдохнувшие, набравшиеся новых сил, приступаем к новому учебному году. Всем студентам желаю легко и с энтузиазмом получать новые знания. Преподавателям же пожелаю много терпения, энергии и вдохновения. Пусть этот учебный год будет полон ярких событий, побед и свершений!



17.06.2017 15 июня состоялась защита выпускных квалификационных работ бакалавров и магистерских диссертаций студентов кафедры экспериментальной биологии и биотехнологий. Поздравляем выпускников с успешной защитой! Это одно из важных событий в жизни и решающий момент в судьбе каждого. Все дороги открыты, все возможности доступны, все необходимое для реализации планов, амбиций получено в багаж знаний. Хочется пожелать энтузиазма, грандиозных целей, больших проектов, чтобы все что было задумано, стало явью. Вперед к победам, новым горизонтам, светлому будущему! 


07.05.2017 Уважаемые друзья, коллеги и читатели нашего сайта! Поздравляем Всех с праздником! Никто не забыт и ничто не забыто!!!


30.04.2017 Уважаемые друзья, коллеги и читатели нашего сайта! Поздравляем Всех с праздником! 

Желаем вам никогда не скучать, работать с большим удовольствием, ходить нехожеными дорогами и открывать все новое и удивительное! Пусть в вашем доме и в вашей жизни всегда живут радость и счастье!

11.03.2017 Внимание! В ЛМГ изменился телефонный номер.

Теперь с нами можно связаться по номеру: +7 (343) 389-97-21                                                                       

06.02.2017 Пополнение фотоархива - ученики поздравляют Учителя с новым статусом! 

26.01.2017 Поздравляем заведующего нашей Лабораторией Ковалева Сергея Юрьевича с блестящей защитой докторской диссертации! И желаем дальнейших творческих успехов! 


15.01.2017 Уважаемые друзья и гости сайта! Для всех, кто интересуется нашими работами, сообщаем хорошую новость - только что вышла наша статья Bacteria of the Family ‘Candidatus Midichloriaceae’ in Sympatric Zones of Ixodes Ticks: Genetic Evidence for Vertical Transmission в журнале Microbial Ecology. В данной статье мы приводим доказательства вертикальной передачи симбиотической бактерии Montezuma (в настоящее время ‘Candidatus Lariskella arthropodarum’) у клещей Ixodes persulcatus. 


Ixodes ticks transmit infectious agents and also harbor their own parasites and symbionts. The presumptive endosymbiont of Ixodes ricinus, ‘Candidatus Midichloria mitochondrii’, has a unique ability to invade mitochondria within tick ovarian cells and is transovarially transmitted with 100% efficiency. A closely related bacterium, provisionally named Montezuma (now ‘Candidatus Lariskella arthropodarum’), was isolated from the Ixodes persulcatus ticks and human blood in 2004 as well as from Ixodes pavlovskyi in 2015. These microorganisms belong to the family ‘Candidatus Midichloriaceae fam. nov.’ and were detected not only in tick salivary glands, but also in animal blood. Nevertheless, the relative importance of vertical and horizontal routes for their transmission or maintenance in natural tick populations remains unclear. We analyzed the prevalence of L. arthropodarum and M. mitochondrii in two sympatric zones, where I. persulcatus/I. ricinus and I. persulcatus/I. pavlovskyi cohabit and produce interspecific hybrids. A specificity of the associations of L. arthropodarum with I. persulcatus (100%) and M. mitochondrii with I. ricinus (96.2%) was observed in the sympatric zone in Estonia, possibly showing poor contribution of the horizontal route to the overall prevalence of endosymbionts. L. arthropodarum was observed probably multiplying in I. pavlovskyi and also subjected to transovarial transmission, but much less efficiently compared to I. persulcatus. We revealed two new genetic variants of the rrl-rrf intergenic spacer of L. arthropodarum isolated from I. pavlovskyi ticks that possibly could indicate an ongoing process of adaptation of the microorganism to a new host species.


26.12.2016 Уважаемые друзья и гости сайта! Сотрудники лаборатории молекулярной генетики от всей души поздравляют вас с наступающим Новым годом и Рождеством! Желаем вам здоровья и благополучия! Только праздничного настроения, оптимизма, и правильных решений во всех жизненных ситуациях. Пусть 2017 год будет переломным, с радостными новостями и приятными событиями!

25.10.2016 Уважаемые друзья и гости! Мы очень гордимся, что руководитель нашей Лаборатории Ковалев Сергей Юрьевич был признан Лучшим преподавателем Уральского федерального университета в номинации "Доцент года". Мы, т.е. сотрудники и благодарные выпускники, считаем эту награду более чем заслуженной, от всей души поздравляем Сергея Юрьевича и желаем новых педагогических успехов!



10.10.2016 Уважаемые друзья и гости сайта! Как было обещано ранее, мы публикуем дату и место проведения защиты диссертации на соискание степени доктора биологических наук Ковалева Сергея Юрьевича, а также сведения об оппонентах и ведущей организации.

Работа выполнена в Федеральном государственном автономном образовательном учреждении высшего профессионального образования «Уральский федеральный университет имени первого Президента России Б.Н. Ельцина».

Официальные оппоненты:

Игнатьев Георгий Михайлович, д.м.н., профессор, ФГУП «Санкт-Петербургский Научно-исследовательский институт вакцин и сывороток и Предприятие по производству бактерийных препаратов» ФМБА России, заместитель директора по экспериментально-аналитической работе.

Лукашев Александр Николаевич, д.м.н., профессор РАН, Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов имени М.П. Чумакова», зав. лабораторией молекулярной биологии.

Платонов Александр Евгеньевич, д.б.н., профессор, ФБУН Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, г. Москва, зав. лабораторией эпидемиологии природно-очаговых инфекций.

Ведущая организация: Федеральное бюджетное учреждение науки Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора).

Защита состоится «26» января 2017 г. в 12 часов на заседании диссертационного совета Д 001.035.01 при Федеральном государственном бюджетном научном учреждении «Научно-исследовательский институт вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова» по адресу: 105064, Москва, Малый Казенный переулок, д.5а.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке и на сайте ФГБНУ НИИВС им. И.И. Мечникова (105064, Москва, Малый Казенный переулок, д.5а), http://www.instmech.ru 


29.09.2016 Уважаемые друзья и гости сайта! По этой ссылке вы можете ознакомиться с уже опубликованной нашей  последней статьей "Baltic lineage of tick-borne encephalitis virus: A putative evolutionary pathway" в pdf формате 



01.09.2016 Уважаемые студенты и преподаватели! Поздравляем с началом учебного года! Впереди трудный, но захватывающий учебный год! Вас будут ждать множество неожиданных событий, ярких впечатлений и трудных решений. Будьте к этому готовы!



25.07.2016 Уважаемые друзья и коллеги! Для всех, кто интересуется нашими работами, сообщаем хорошую новость - только что вышла наша статья Baltic lineage of tick-borne encephalitis virus: A putative evolutionary pathway в журнале Ticks and Tick-borne Diseases (пока в виде Accepted Manuscript). В данной статье мы проследили возможный эволюционный путь и распространение штаммов Балтийской филогенетической линии ВКЭ. 


Tick-borne encephalitis virus (TBEV) is transmitted by ixodid ticks and has three subtypes. The most genetically heterogeneous and widely distributed is the Siberian subtype which is subdivided into two main phylogenetic lineages, Asian (TBEV-SibAsia) and Baltic (TBEV-SibBaltic). According to the hypothesis of quantum evolution of TBEV (Kovalev et al., 2014), TBEV-SibAsia originated about 370 years ago in Siberia, but the question concerning the time and place of origin of TBEV-SibBaltic is still to be solved. In the present paper, the sequences of a gene E fragment of 20 newly obtained TBEV-SibBaltic strains and 164 sequences of TBEV-SibBaltic from GenBank were analyzed. The clusteron approach applied to TBEV-SibBaltic allowed the identification of three new clusterons. We revealed three clades of TBEV-SibBaltic, each characterized by a certain geographical distribution, and estimated their evolutionary ages. The oldest clade was Balt I, which presumably originated in North-West Russia and the Baltic countries about 300 years ago as a result of human activity, and then gave rise to the other clades in the Urals and West Siberia. The European subtype of TBEV and TBEV-SibBaltic may have originated simultaneously from the clusteron-founder 3A of TBEV-SibAsia, the former through the adaptation of the virus to Ixodes ricinus, the latterto a European subpopulation of Ixodes persulcatus. The use of the clusteron approach complemented with the results of phylogenetic analysis, data on the geographical distribution of the virus, the population structure of ticks, and the historical evidence allows us to estimate evolutionary pathways of the subtypes and phylogenetic lineages of TBEV.

25.07.2016 Обновление фотоархива: как мы съездили на Иннопром-2016

18.06.2016 15 июня состоялась защита выпускных квалификационных работ бакалавров и магистерских диссертаций студентов кафедры физиологии и биохимии растений. Поздравляем выпускников с защитой и желаем им дальнейших успехов во всех сферах! Некоторые фотографии с защиты можно найти в разделе Фотоархив



26.05.2016 По состоянию на 23 мая 2016 г. на территории Свердловской области зарегистрировано 11313 пострадавших от присасывания клещей, что в целом соответствует среднему многолетнему уровню. А мы продолжаем сборы клещей в соседних областях, которые изучены гораздо меньше Свердловской. Например, недавно мы совершили поездку в Тюменскую область (фотографии из Тюмени).


11.05.2016  Число жертв клещей на Урале перевалило за семь тысяч!


07.05.2016 Уважаемые друзья, коллеги и читатели нашего сайта! Поздравляем Всех с праздником!

В этот день мы выражаем глубокую признательность и уважение всем героям, мы не забудем их подвига никогда. Хочется пожелать Вам здоровья, счастья и добра!



30.04.2016 Уважаемые друзья, коллеги и читатели нашего сайта! Поздравляем Всех с праздником! 

В день, символизирующий солидарность и дружбу всех людей, желаем весеннего тепла, энтузиазма, побольше ярких идей и творческих успехов во всех начинаниях. Пусть эти дни пройдут в бодром, веселом настроении, ярких событиях, в кругу близких и родных. Здоровья, счастья, любви.


26.04.2016 Когда холодно или идет дождь, клещи отдыхают ;)

25.04.2016 Новые сводки с клещевых фронтов.

21.04.2016 Вот и начался новый клещевой сезон  - в этом году в связи с необычно теплой погодой раньше обычного! В начале этой недели в Свердловской области было зарегистрировано уже 773 случая укуса клещей. Берегитесь клещей, но если уберечься не получилось, помните, что есть заинтересованные в них люди!


14.04.2016 Уважаемые друзья и коллеги! Для всех, кто следит за нашими работами, мы рады сообщить хорошую новость - только что вышла наша статья

Ковалев С.Ю., Мухачева Т.А. Унификация молекулярно-эпидемиологических исследований клещевого энцефалита // Вопросы вирусологии. 2016. - Т.61. - №2. - С. 89-95.


Применение молекулярно-генетических методов и подходов в эпидемиологических исследованиях стало настоящим прорывом в понимании закономерностей, путей и механизмов распространения возбудителей инфекций. Однако отсутствие стандартных методов исследования приводит к несопоставимости форматов полученных результатов. В целях унификации методов предлагается выбрать один фрагмент вирусного генома, секвенирование которого было бы необходимым и достаточным условием для проведения молекулярно-эпидемиологических исследований клещевого энцефалита (КЭ). Кандидатом на эту роль может быть фрагмент гена Е длиной 454 нуклеотидов, представленный наибольшим количеством последовательностей в базе данных GenBank. Кроме того, на основе кодируемой этим фрагментом аминокислотной последовательности была разработана система дифференциации вируса КЭ (ВКЭ) на структурные единицы - кластероны (Kovalev S., Mukhacheva T., 2013). На примере природных очагов Среднего Урала была показана информативность кластеронного подхода к изучению генетической структуры популяции ВКЭ-Сиб. Каждый очаг КЭ оказался уникальным как по количественному, так и по качественному составу кластеронов. При этом наибольшее их разнообразие наблюдалось на юге Среднего Урала в зоне Транссибирского пути, что отражает историю колонизации этой территории, тесным образом связанную с дорогами из Сибири в европейскую часть России. Было выявлено три кластерона возрастом не более 50 лет, присутствие которых может свидетельствовать об активном эволюционном процессе в популяциях ВКЭ-Сиб. В свою очередь тип их территориального распределения указывает на решающую роль антропогенного фактора в распространении ВКЭ (Kovalev S., Mukhacheva T., 2014). Кластеронный подход позволяет учесть не только генетическую, но и фенотипическую изменчивость вируса, и должен рассматриваться скорее в качестве дополнения, а не альтернативы филогенетическому анализу. Помимо научного предлагаемый подход может иметь и прикладное значение, например использоваться региональными службами Роспотребнадзора для эпидемиологического мониторинга КЭ. Унификация исследований на основе одного стандартного генетического маркера позволит объединить усилия исследователей из разных регионов России и других стран в изучении КЭ.


06.01.2016 Уважаемые друзья, коллеги и гости сайта! Лаборатория молекулярной генетики поздравляет с наступившим Новым Годом! Процветания, творческих успехов, а главное здоровья в 2016! Пусть сбудутся ваши мечты и реализуются намеченные планы!!!

New Year 

27.11.2015 Коллектив ЛМГ от всей души поздравляет сотрудника лаборатории, м.н.с. Татьяну Александровну Мухачеву с блестящей защитой кандидатской диссертации! Ура-а-а!!! И желает ей здоровья, дальнейших творческих успехов, а главное, не останавливаться на достигнутом!!! 



26.11.2015 Коллектив ЛМГ УрФУ от всей души поздравляет Марию Михайлищеву с Призовым (Вторым) местом на XVIII Областном конкурсе студенческих научных работ "Научный Олимп" в номинации "Естественные науки"!!! Желаем процветания и успехов в профессиональной деятельности!


11.11.2015 Уважаемые друзья и коллеги! Результаты многолетней работы ЛМГ УрФУ в области молекулярной эпидемиологии природно-очаговых инфекций теперь обобщены в виде кандидатской диссертации Т.А. Мухачевой, текст которой вместе с авторефератом размещены на сайте диссертационного совета ДМ004.019.01 Института экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН (г. Пермь): http://www.iegm.ru/diss/docc/doc_97.html 

Защита диссертации на тему «Молекулярно-генетическая характеристика возбудителей иксодового клещевого боррелиоза в природных очагах на территории России» состоится 27 ноября 2015.

Кроме того на сайте НИИ Полиомиелита и вирусных энцефалитов (г. Москва) размещена докторская диссертация С.Ю. Ковалева на тему "Происхождение, распространение и эволюция вируса клещевого энцефалита", ознакомиться с текстом диссертации можно по ссылке.

Защита этой диссертации состоится в следующем году, предположительно весной. Точную дату сообщим позднее.

Если при чтении выше названных трудов возникнут вопросы или комментарии - пишите, мы постараемся на них ответить.   


25.09.2015 Уважаемые друзья и коллеги! Для всех, кто следит за нашими работами, мы рады сообщить хорошую новость - только что вышла наша статья, в которой мы в соавторстве в нашими эстонскими коллегами описываем обнаружение в природе гибридов клещей Ixodes persulcatus и Ixodes ricinus молекулярно-генетическими методами:

Kovalev S.Y., Golovljova I.V., Mukhacheva T.A. Natural hybridization between Ixodes ricinus and I. persulcatus ticks evidenced by molecular genetics methods // Ticks and Tick-borne Diseases. - 2015. - DOI 10.1016/j.ttbdis.2015.09.005.


The recently shown phenomenon of natural hybridization between Ixodes persulcatusand I. pavlovskyi ticks ( Kovalev et al., 2015) stimulated similar studies in the sympatric zones of other tick species. In the present paper, 265 I. ricinus and I. persulcatus ticks from Estonia were subjected to a search for interspecific hybrids based on nuclear (ITS2) and mitochondrial (cox1) markers as well as morphological features. Surprisingly, only 72.1% of ticks morphologically identified as I. ricinus actually were I. ricinus both at nuclear and mitochondrial markers, while the accuracy of morphological species identification for I. persulcatus was 99.3%. Among ticks morphologically identified as I. ricinus, 24.6% turned out to be interspecific hybrids and 3.3% were I. persulcatus. Generally, about 11% of the individuals studied were shown to be interspecific hybrids with different levels of nuclear DNA introgression. The analysis of hybrid populations proved the mating pair female I. ricinus x male I. persulcatus to form hybrids more efficiently, then female I. persulcatus x male I. ricinus. The same trend can be observed for backcrosses preferentially mating with I. ricinus. Hybridization between I. ricinus andI. persulcatus proved the existing view about their reproductive isolation to be untenable. Interspecific hybridization occurring between both closely (I. persulcatus and I. pavlovskyi) and more distantly (I. ricinus and I. persulcatus) related Ixodes species could introduce novel alleles that modify vector competence, host use or the ability to exploit diverse microhabitats.



 12.04.2015  Уважаемые друзья, коллеги и гости сайта! На сайте журнала "Infection, genetics and evolution" опубликована наша новая статья об открытии явления межвидовой гибридизации между иксодовыми клещами Ixodes persulcatus и I. pavlovskyi в зоне их симпатрии на территории Западной Сибири (Томская область). 

Kovalev S.Y., Mikhaylishcheva M. S., Mukhacheva T.A.  

Natural hybridization of the ticks Ixodes persulcatus and Ixodes pavlovskyi in their sympatric populations in Western Siberia // Infection, Genetics and Evolution. 2015. - V.32. - p. 388–395 Article first published online: 11 APR 2015. DOI: 10.1016/j.meegid.2015.04.003


Hybridization of ticks of the genus Ixodes has been described for several species under laboratory conditions although no molecular genetics evidence confirming interspecific hybridization in nature is available. We have designed a real time PCR targeted on nuclear (ITS2) and mitochondrial (cox1) markers to accurately identify tick species and to detect interspecific hybrids of I. persulcatus and I. pavlovskyi in their sympatric populations in Western Siberia. A survey of 783 individual ticks from a suburb of Tomsk showed that 44.2% of ticks belong to I. pavlovskyi species and 55.8% to I. persulcatus, based on the mtDNA data. Results obtained with the nuclear marker were not consistent, indicating that approximately 10% of the ticks were hybrids and about 5% revealed mtDNA introgression. Both hybridization and introgression have been shown to occur bidirectionally but more efficiently in the mating pair female I. pavlovskyi x male I. persulcatus than vice versa. The existence of the first generation hybrids and backcrosses challenges the existing view about effective reproductive barriers between I. pavlovskyi and I. persulcatus. While using only mitochondrial markers can lead to errors in determining tick species, we propose to use nuclear or both markers instead. The results obtained in the present paper and published earlier suggest that hybridization between closely related tick species in their sympatric zones is common rather than exceptional. The role of hybrid populations of vectors in the evolution of transmitted pathogens is also discussed.


17.02.2015  Уважаемые друзья, коллеги и гости сайта! Мы давно не обновляли новостную ленту нашего сайта - было много экспериментальной работы и не только. Но сегодня у нас есть хорошая новость. На сайте журнала "Infection, genetics and evolution"опубликована наша новая статья о филогеографической изменчивости Borrelia miyamotoi.

Tatyana A. Mukhacheva, Irina I. Salikhova, Sergey Y. Kovalev

Multilocus spacer analysis revealed highly homogeneous genetic background of Asian type of Borrelia miyamotoi // Infection, genetics and evolution. Article first published online: 7 Feb  2015, doi:10.1016/j.meegid.2015.02.009


Borrelia miyamotoi, a member of the relapsing fever group borreliae, was first isolated in Japan and subsequently found in Ixodes ticks in North America, Europe and Russia. Currently, there are three types of B. miyamotoi: Asian or Siberian (transmitted mainly by Ixodes persulcatus), European (I. ricinus) and American (I. scapularis and I. pacificus). Despite the great genetic distances between B. miyamotoi types, isolates within a type are characterized by an extremely low genetic variability. In particular, strains of B. miyamotoi of Asian type, isolated in Russia from the Baltic sea to the Far East, have been shown to be identical based on the analysis of several conventional genetic markers, such as 16S rRNA, flagellin, outer membrane protein p66 and glpQ genes. Thus, protein or rRNA – coding genes were shown not to be informative enough in studying genetic diversity of B. miyamotoi within a type. In the present paper, we have attempted to design a new multilocus technique based on eight non-coding intergenic spacers (3686 bp in total) and have applied it to the analysis of intra-type genetic variability of В. miyamotoi detected in different regions of Russia and from two tick species, I. persulcatus and I. pavlovskyi. However, even though potentially the most variable loci were selected, no genetic variability between studied DNA samples was found, except for one nucleotide substitution in two of them. The sequences obtained were identical to those of the reference strain FR64b. Analysis of the data obtained with the GenBank sequences indicates a highly homogeneous genetic background of B. miyamotoi from the Baltic Sea to the Japanese Islands. In this paper, a hypothesis of clonal expansion of B. miyamotoi is discussed, as well as possible mechanisms for the rapid dissemination of one B. miyamotoi clone over large distances.


23.10.2014 Уважаемые друзья, коллеги и гости сайта! На сайте журнала "Ecology and evolution" появилась наша важнейшая статья которую мы готовили почти 2 года. В ней мы подвели итоги использования кластеронного подхода для изучения закономерностей изменчивости, механизмов распространения и эволюции ВКЭ. 

Kovalev S.Y., Mukhacheva T.A. Tick-borne encephalitis virus subtypes emerged through rapid vector switches rather than gradual evolution // Ecology and Evolution, Article first published online: 23 OCT 2014, DOI: 10.1002/ece3.1301


Tick-borne encephalitis is the most important human arthropod-borne virus disease in Europe and Russia, with an annual incidence of about 13 thousand people. Tick-borne encephalitis virus (TBEV) is distributed in the natural foci of forest and taiga zones of Eurasia, from the Pacific to the Atlantic coast. Currently, there are three mutually exclusive hypotheses about the origin and distribution of TBEV subtypes, although they are based on the same assumption of gradual evolution. Recently, we have described the structure of TBEV populations in terms of a clusteron approach, a clusteron being a structural unit of viral population [Kovalev and Mukhacheva (2013) Infect. Genet. Evol., 14, 22–28]. This approach allowed us to investigate questions of TBEV evolution in a new way and to propose a hypothesis of quantum evolution due to a vector switch. We also consider a possible mechanism for this switch occurring in interspecific hybrids of ticks. It is necessarily accompanied by a rapid accumulation of mutations in the virus genome, which is contrary to the generally accepted view of gradual evolution in assessing the ages of TBEV populations. The proposed hypothesis could explain and predict not only the formation of new subtypes, but also the emergence of new vector-borne viruses.


07.08.2014 Уважаемые друзья, коллеги и гости сайта! Сообщаем Вам, что сегодня была опубликована электронная версия нашей новой статьи, посвященной изучению популяционной структуры боррелий, на основе дифференциации геновидов боррелий методом ПЦР в реальном времени. С текстом можно ознакомиться по ссылке ниже: 

T.A. Mukhacheva, S.Y. Kovalev Borrelia spirochetes in Russia: Genospecies differentiation by real-time PCR Ticks Tick-borne Dis. - 2014. Article first published online: 07 Aug 2014 DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.ttbdis.2014.05.016


Spirochetes of the Borrelia burgdorferi sensu lato complex are the causative agent of Lyme borreliosis which is widespread in Russia. Nowadays, three clinically important B. burgdorferi s.l. genospecies, B. afzelii, B. garinii, B. bavariensis sp. nov., can be found in Russia, as well as B. miyamotoi, which belongs to the tick-borne relapsing fever group of spirochetes. Several techniques have been developed to differentiate Borrelia genospecies. However, most of them do not allow detection of all of these genospecies simultaneously. Also, no method based on the RT-PCR TaqMan approach has been proposed to differentiate the genetically closely related species B. bavariensis and B. garinii. In the present paper, we investigated two species of ticks, I. persulcatus and I. pavlovskyi (1343 and 92 adults, respectively). Two sets of primers and probes for RT-PCR, with uvrA, glpQ and nifS genes as targets, were designed to detect four Borrelia genospecies in positive samples. The average prevalence of Borreliasp. was about 40%, with B. afzelii as the most prevalent genospecies. Mixed infections of B. bavariensisand B. garinii were found to be extremely rare. While B. bavariensis was predominant in I. persulcatus, I. pavlovskyi ticks were infected exclusively by B. garinii. The proposed technique proved to be efficient in selection of individual Borrelia species for further genetic analysis, in particular, for multilocus sequence typing. Also, it could be applied for the differentiation of Borrelia genospecies in clinical material.


18.04.2014 Наступает время активности иксодовых клещей. Лаборатория молекулярной генетики УрФУ приглашает научно-исследовательские организации, областные Центры Роспотребнадзора, а также всех заинтересованых лиц к сотрудничеству в области изучения молекулярной эпидемиологии клещевого энцефалита и лайм-боррелиоза. Мы предлагаем на взаимовыгодной основе провести исследования на предмет зараженности клещей возбудителями этих природно-очаговых инфекций. Нас интересуют практически все территории РФ. Полученные результаты внесут существенный вклад в понимание процессов происхождения, распространения и поддержания природных очагов, а также выяснения особенностей эволюции возбудителей. Обращайтесь!!!  


29.01.2014 Поздравляем Мухачеву Татьяну с победой в конкурсе "Лучший молодой ученый" 2013 года и вручением Диплома Лауреата премии Губернатора Свердловской области "За лучшую работу в области общей биологии"! Награждение состоялось 29 января в Демидовском зале УрФУ. 

Mukhacheva simbol


27.12.2013 Уважаемые друзья, коллеги и гости сайта! Лаборатория Молекулярной генетики поздравляет с Наступающим Новым Годом! Процветания, творческих успехов, а главное здоровья в 2014! Пусть сбудутся ваши мечты и реализуются намеченные планы!!!





30.10.2013 Искренне поздравляем выпускницу ЛМГ Жанну Меркушину с победой в номинации "Специальная премия" на XVI Областном конкурсе студенческих научных работ "Научный Олимп!!! Желаем процветания и успехов в профессиональной деятельности!


13.09.2013 Уважаемые друзья, коллеги и гости сайта! Сообщаем Вам, что сегодня была опубликована (пока в электронном виде) наша новая статья, которая является второй частью "саги", посвященной изучению популяционной структуры вируса клещевого энцефалита, основанной на кластеронном подходе. С текстом можно ознакомиться по ссылке ниже:

Clusterons as a tool for monitoring populations of tick-borne encephalitis virus

Sergey Y. Kovalev and Tatyana A. Mukhacheva

Article first published online: 13 SEP 2013 | DOI: 10.1002/jmv.23732


Tick-borne encephalitis (TBE) is a natural focal viral neuroinfection that is widespread in the temperate zone of Eurasia. Knowledge of the genetic structure of tick-borne encephalitis virus (TBEV) populations is important for understanding, not only the origin and evolution of the virus, but also the formation and maintenance of natural foci. A new approach to the differentiation of TBEV strains within subtype, with clusterons as the basis of analysis, has recently been proposed. In the present study, the genetic structure of TBEV-Sib populations has been investigated based on 387 strains isolated in the Middle Urals (Sverdlovsk region). Fourteen of the 18 currently known TBEV-Sib clusterons were identified. They belong to the Asian and Eastern European (Baltic) groups. It was shown that each TBE foci could be characterized by a unique clusteron profile. Three clusterons that emerged within the last 50 years have been identified which implies an active evolutionary process in the TBEV-Sib populations. The greatest diversity of clusterons was observed in the south of the Middle Urals along the Trans-Siberian Way. Such a pattern could reflect the history of colonization of the area and is closely related to the roads passing from Siberia to the European part of Russia through the Urals. In this article, the principles of continuous monitoring in the regional and local TBE foci are proposed, based on the quantitative and qualitative analysis of TBEV-Sib clusteron profiles.



J. Med. Virol. © 2013 Wiley Periodicals, Inc.


01.07.2013 Искренне поздравляем выпускниц ЛМГ Жанну Меркушину и Ирину Цой с завершением учебы в УрФУ и получением бакалаврского и магистерского дипломов!!! Желаем успехов в профессиональной деятельности!


24.06.2013 Поздравляем коллектив ЛМГ с 3-х летним грантом РФФИ-Урал  13-04-96045 р_урал_а "Унификация исследований генетического разнообразия возбудителей клещевых инфекций как основа мониторинга природных очагов Среднего Урала"! 

27.04.2013 Поздравляем Институт естественных наук с 1 местом в  рейтинге институтов УрФУ! Мы рады, что тоже внесли свою лепту в эту победу! 

21.04.2013 Уважаемые друзья, коллеги и гости сайта! Рады сообщить Вам, что на днях была опубликована (пока в электронном виде) наша новая статья, на сей раз посвященная изучению филогении боррелий на территории всей нашей огромной Родины. С текстом можно ознакомиться по ссылке ниже 

Mukhacheva T.A., Kovalev S.Y. Multilocus sequence analysis of Borrelia burgdorferi s.l. in Russia // Ticks Tick-borne Dis. - 2013. - DOI 10.1016/j.ttbdis.2013.02.004. 


Borrelia burgdorferi sensu lato is a species complex that includes the causative agents of Lyme borreliosis (LB). Classification of the complex was greatly influenced by the method of multilocus sequence typing (MLST), proposed in 2008 and analyzing the spatial distribution of sequence types (STs). Despite the fact that Russia is the largest natural focus of LB to date, it is represented by only 3 strains of the 1323 strains deposited in the MLST database. In this paper, we identified STs for 24 B. burgdorferi s.l. strains isolated from ticks from almost all regions of Russia, 16 of which have not been described so far. It has been shown that the Russian isolates of B. afzelii are of Asian origin and are characterized by a lack of territorial mixing of STs. In contrast, B. garinii and B. bavariensis showed ST mixing between different localities. Comparison of MLST data with the results of sequence analysis of rrf–rrl intergenic spacer led to the conclusion that the previously described genomic groups of B. garinii correspond to the genospecies according to the new classification: 20047 corresponds to B. garinii, and NT29 corresponds to B. bavariensis. The genomic group, ChY13p, characterized by an unusual PCR-RFLP profile, belongs to the species B. garinii (prototype strain 20047). Thus, the use of a reliable method to study the phylogeny and evolution of Borrelia based on MLST, helps to clarify the existing classification. The standardized research procedure and database created could become the basis for a global scientific cooperation in LB research. 


Надо заметить, как раз кстати. Стоит замечательная погода, и интерес к клещам просыпается одновременно с ними. Призываем всех соблюдать осторожность во время отдыха на природе (но не чересчур)! Таким образом, клещевой сезон 2013 можно считать открытым!


09.01.2013 Уважаемые научные сотрудники и преподаватели! Поздравляем с Днем российской науки, который мы праздновали 8 февраля! Больших творческих успехов, идей, публикаций в высокоимпактных журналах!

Не без связи с этим радостным событием (который омрачается скандалами с фиктивными диссертациями и перспективой отказа от доплаты кандидатам и докторам надбавок за ученую степень) хотим поделиться впечатлениями от прошедшей неделю назад школы Future Biotech, в которой участвовала аспирантка лаборатории Мухачева Татьяна.

04. 01. 2013 Поздравляем с Новым годом и Рождеством!!! Коллектив ЛМГ желает всем здоровья, процветания и творческих успехов!




12.12.2012  Поздравляем Мухачеву Татьяну с присуждением первой премии в Конкурсе научно-исследовательских работ студентов Свердловской области "Научный Олимп" за научную работу:

olimp sign

"Генетическая изменчивость популяций таежного клеща  и ее связь с эволюцией возбудителя клещевого энцефалита"

Торжества по поводу вручения премии прошли 12 декабря в резиденции Губернатора Свердловской области.

Желаем дальнейших успехов! 


27.11.2012 Поздравляем! Вышла долгожданная статья:

Kovalev S.Y., Mukhacheva T.A. Clusteron structure of tick-borne encephalitis virus populations // Infection, Genetics and Evolution. - 2012. doi.org/10.1016/j.meegid.2012.10.011,

которая, как мы надеемся, перевернет существующие представления о происхождении, распространении и эволюции вируса клещевого энцефалита. Теперь есть методологический подход, позволяющий эффективно проводить мониторинг природных очагов КЭ.

21.10.2012. Поздравляем! Вышла статья в журнале Вопросы вирусологии сотрудников лаборатории 

Ковалев С.Ю., Мухачева Т.А., Кокорев В.С.

Проблема «смены» генотипа вируса клещевого энцефалита на Среднем Урале за последние 60 лет.

Тезисы статьи были немного изменены редакцией журнала и  доступны пока на английском языке.

Although the history of the tick-borne encephalitis in Urals dates back to 75 years ago, the problem of the spread and evolution of the tick-borne encephalitis virus (TBEV) largely remains terra incognita. Any research in this area is of great basic and practical importance. A few years ago, a hypothesis about the change of the TBEV genotype in the Sverdlovsk region in the 50-60-year period was put forward. In other words, replacement of the Far-Eastern genotype by Siberian genotype was suggested. The goal of this work was to discuss this hypothesis and the fallacy of this view. Recent large-scale data show the long history of the formation of Siberian TBEVvirus population in the Middle Urals, as well as a foreign nature of Far-Eastern genotype through their introduction in the past. The concept of the decisive role of anthropogenic factor in the spread of TBEV in the Urals is discussed as an alternative to the hypothesis of the genotype change. 

15.10.2012 Поздравляем нашего дорогого бессменного руководителя Ковалева Сергея Юрьевича с ДНЕМ РОЖДЕНИЯ!!! Желаем главного - дальнейших творческих успехов, много-много идей и их реализации! 

happy birthday 

05.10.2012 Биология будущего: традиции и новации


С 1 по 5 октября в Уральском федеральном университете состоялась Всероссийская с международным участием школа-конференция молодых ученых "Биология будущего: традиции и новации". К сожалению, некоторые иногородние участники и молодые ученые нашего университета не смогли выступить с докладами, поэтому программа была сокращена. Тем не менее, участники и гости конференции имели возможность послушать интересные лекции М.Н.В. Прасада из университета Хайдарабада (Индия), С.С. Медведева (Санкт-Петербург) и В.Л. Вершинина (Екатеринбург), а также принять участие в работах нескольких секций. Хотелось бы пожелать студентам (в том числе и младших курсов) в будущем более активно участвовать в подобного рода конференциях, являющихся важным событием на факультете. 


 Фотографии с мероприятия 


13.09.2012 И снова начало учебы 

Вот пришел сентябрь, а с ним и новый учебный год. Надеемся, что все хорошо отдохнули и готовы к дальнейшей работе! 


01.08.2012 Конец учебного года

Поздравляем студентов и аспирантов, работающих в ЛМГ, с завершением практики и учебного года! Желаем хорошо отдохнуть и набраться сил для успешной работы в следующем учебном году! До сентября!


01.07.2012 Иркутск-Листвянка 2012

Сотрудники ЛМГ вернулись из Иркутска, где участвовали в международной конференции, посвященной 75-летию открытия вируса клещевого энцефалита. Фотоотчет о конференции можно посмотреть здесь.


27.06.2012 Наши поздравления

ЛМГ сердечно поздравляет Мухачеву Татьяну с поступлением в аспирантуру! Желаем успехов в научной работе и досрочной защиты кадидатской диссертации! Время пошло....


18.06.2012  Защита дипломных работ

Состоялась защита выпускных квалификационных работ специалистов и магистров кафедр "Физиологии и биохимии растений" и "Ботаники". ЛМГ искренне поздравляет всех выпускником с успешной защитой! Желаем уверенно идти по жизни с полученными знаниями и не забывать родную Alma mater!

Фотографии с мероприятия


16.06.2012   Наши поздравления!

ЛМГ от все души поздравляет Кокорева Валерия Серафимовича с Днем Рождения! Желаем здоровья, научных и творческих успехов на Канадщине! Ждем новых произведений живописи, прозы и поэзии!!!


29-30.05.2012 Выставка научно-технического творчества студентов

Впервые студентов бывшего УрГУ, в частности Института естественных наук, пригласили к участию в традиционной (для УГТУ-УПИ) выставке научно-технического творчества. ИЕН представляли студенты департамента биологии - Мухачева Татьяна, Николаенкова Александра и Госьков Александр. Посетители выставки имели возможность узнать побольше и задать вопросы о клещевом боррелиозе, фаунистическом составе ос на Урале, а также о наблюдениях за китами на Командорских островах. В свою очередь, студенты - естественники могли познакомиться с работами студентов других институтов.

2012 student creative work1 250

                      Открытие выставки 

2012 student creative work2 250

Госьков Александр, Николаенкова

Александра у экрана с презентациями 

2012 student creative work3 250

                     Вопросы докладчикам

2012 student creative 4

          Работа комиссии по оцениванию                            докладов студентов



21.05.2012 На Урале бьют тревогу: клещи массово нападают на людей!

Видео: Центр гигиены и эпидемиологии в Свердловской области


12.05.2012 Друзья! На нашем сайте пополнился фотоархив!


26.04.2012 Начался клещевой сезон - 2012! 

Благодаря наступлению необычно для апреля теплой погоды, голодные после зимы клещи уже вовсю начали бурную деятельность по поиску пищи! Будьте осторожны и осматривайте себя и друг друга! Хоть клещи и не охотятся за человеком (уж конечно, мышка или полевка вкуснее, да и осматриваются они не так часто), попить нашей крови клещ совсем не против... А в благодарность еще и подарит незадачливому хозяину что-нибудь в липидной оболочке... Для нас все это означает открытие нового рабочего сезона! В руки флаги, пинцеты и пипетки! 

Клещи на Е1 

tick ixodes_ricinus_1292 


18.04.2012 Внимание! Теперь на нашем сайте появился раздел "В помощь студенту", где мы постараемся помочь студентам-биологам в оформлении своих работ в соответствии с новыми требованиями. Не затягивайте с написанием дипломов и их оформлением! )))



9-13 апреля 2012 в Институте экологии растений и животных прошла традиционная Всероссийская конференция молодых ученых  "Экология: традиции и инновациии", где  приняла участие Мухачева Татьяна с постерным докладом "Коэволюция вируса и его переносчика в природных очагах (на примере клещевого энцефалита)". 



11-12 апреля 2012 в Уральской государственной медицинской академии состоялась 67-ая  Всероссийская научно-практическая конференция молодых учёных и студентов с международным участием "Актуальные  вопросы  современной  медицинской  науки  и  здравоохранения",  которой приняли участие сотрудники лаборатории Мухачева Татьяна и Жуйкова Елена с докладом "К вопросу о классификации возбудителей иксодового клещевого боррелиоза". С тезисами конференции можно ознакомиться на сайте НОМУС УГМА

 med academia confer 2012 250


19.03.2012. Поздравляем! Принята к публикации в журнале Ticks and tick-borne diseases статья сотрудников лаборатории 

Sergey Y. Kovalev, Tatyana A. Mukhacheva

Phylogeographical structure of the tick, Ixodes persulcatus: a novel view


The tick, Ixodes persulcatus Schulze, 1930 has a wide distribution, from the Baltic to the Far East, and is the vector of a number of human pathogens. Thus, the study of the genetic structure and evolution of this species is of great epidemiological importance. rRNA genes were used as genetic markers to identify the phylogeographical structure of the ticks. The sequences of gene fragments of 28S (expansion segment D3) and mitochondrial 12S rRNA for 25 and 76 ticks, respectively, that had been collected in various regions of Russia between 2007 and 2011, were obtained. The sequences of the 28S rRNA D3 segment were identical for all ticks within the studied area. Analysis of the sequences of the mitochondrial 12S rRNA fragment revealed four haplotypes with one occurring at a frequency of 0.96. It is shown that the ‘deep’ population structure of I.persulcatus (McLain et al., 2001) was erroneous because of the inclusion of contaminating fungi sequences of 28S rRNA in the phylogenetic analysis. This was, possibly, due to the use of universal PCR primers that amplify the DNA of a wide range of eukaryotes, particularly of fungi which are common in samples of ticks. The influence of PCR conditions on the preferential amplification of the DNA of different organisms is also demonstrated. 

19.03.2012. Поздравляем! Теперь у Лаборатории молекулярной генетики УрФУ есть свой сайт! 

Приглашаем всех интересующихся научных работников, студентов и выпускников!