- Первыми в России применили MIRU-VNTR типирование штаммов Mycobacterium tuberculosis для изучения структуры популяции микобактерий на Среднем Урале и на ее основе описали ранее неизвестную, филогенетически обособленную группу штаммов, которая была нами названа «Ural»;
- На основе анализа выделенных нами нуклеотидных последовательностей фрагмента генома (часть гена Е) вируса клещевого энцефалита (ВКЭ) на территории Среднего Урала, было показано, что основной движущей силой в распространении вируса по территории Евразии является антропогенный фактор (хозяйственная деятельность человека);
- Обосновано предположение о том, что штаммы различных субтипов ВКЭ изредка наблюдаемые на неэндемичных территориях являются следствием реализации Всесоюзной программы «По акклиматизации охотничье-промысловых зверей и птиц» действовавшей с начала 30-х годов по 1991 годы прошлого столетия;
- Установлен аутентичный штамм Sofjin ВКЭ, выделенный в 1937 году первой научной экспедицией на Дальний Восток под руководством Л.А. Зильбера. Определена полная нуклеотидная последовательность его генома;
- Показана ошибочность представлений о высокой генетической изменчивости популяций клещей Ixodes persulcatus таежной зоны России на уровне генов рРНК, что указывает на непригодность данных генетических маркеров для выявления генетически различных популяций клещей и изучения процессов формирования их коэволюционных связей с ВКЭ;
- Показана возможность объединения штаммов ВКЭ в группы (кластероны) по признаку идентичности аминокислотных последовательностей фрагмента гликопротеина Е и типу территориального распределения;
- На основе кластеронного подхода предложена классификация ВКЭ в пределах субтипа; исследованы вопросы происхождения, распространения и эволюции вируса, а также разработаны теоретические принципы перманентного мониторинга вирусных популяций на разных территориальных уровнях;
- Разработана концепция квантовой эволюции ВКЭ, в основе которой лежит представление о быстрой перестройке вирусного генома в результате смены вирусом основного хозяина (клеща);
- Впервые в России применена система мультилокусного сиквенс-типирования (MLST) на основе которой было показано: а) большая часть сиквенс-типов изолятов Borrelia afzelii, выделенных в России, формирует обособленную группу, филогенетически близкую изолятам из Китая и Японии; б) высокое генетическое разнообразие и неоднородное географическое распределение сиквенс-типов B. bavariensis и B. garinii; в) B. bavariensis соответствует геногруппе NT29 B. garinii и в клещах I. persulcatus встречается чаще или с той же частотой, что и B. garinii (объединяет геногруппы 20047 и ChY13p). В клещах I. pavlovskyi преобладает B. garinii, в то время как встречаемость B. miyamotoi в обоих видах клещей статистически не отличается;
- Разработана система мультилокусного спейсер-анализа B. miyamotoi, а также показана крайне низкая генетическая изменчивость азиатского типа B. miyamotoi как на уровне кодирующих генов, так и на уровне некодирующих межгенных спейсеров. Выдвинута гипотеза о быстром клональном распространении B. miyamotoi по территории Евразии;
- Открыт феномен межвидовой гибридизации близкородственных видов иксодовых клещей в зонах их симпатрии, выдвинута гипотеза о широком распространении этого явления среди клещей комплекса I.ricinus;
- Впервые дана филогенетическая характеристика клеща Ixodes kazakstani по ядерным и митохондриальным маркерам. Показана важное значение этого вида клеща в формировании комплекса I.ricinus - I.persulcatus;
- Представлена полная эволюционная история Балтийской филогенетической линии ВКЭ сибирского субтипа (ВКЭ-Сиб);
- Приведены генетические доказательства вертикальной передачи бактерий семейства ‘Candidatus Midichloriaceae’ у близкородственных видов иксодовых клещей в зонах их симпатрии;
- Описана новая – Восточно-сибирская – филогенетическая линия ВКЭ-Сиб. Найдены убедительные аргументы, подтверждающие справедливость выделения в составе ВКЭ нового субтипа названного нами Байкал (ВКЭ-Байкал);
- Определены полные геномы пятнадцати штаммов вируса омской геморрагической лихорадки (ВОГЛ) из коллекции вирусов Омского НИИ природноочаговых инфекций (GenBank MT354614 - MT354629);
- Обнаружены два новых штамма вируса Кама (KAMV) и определена нуклеотидная последовательность их геномов (GenBank MT812695, MT812696);
