Расчет эволюционного возраста всегда представляет большую сложность для исследователей. Если для калибровки хода молекулярных часов в случае изучения эволюционной истории животных, растений и микроорганизмов применяются методы радиоизотопного анализа ископаемых материалов, то для изучения вирусов, скорость эволюционных изменений в геноме которых на много порядков больше (особенно у РНК-содержащих вирусов), данные методы не подходят. Следовательно, для расчета времени эволюции вирусной популяции нужны другие подходы. 

Для расчета скорости генетической изменчивости ВКЭ нами был использован методологический подход, описанный в работе Li W.H. с соавторами в 1988 году для установления времени появления вируса иммунодефицита человека в Северной Америке.

Оценка скорости нуклеотидных замен проводилась на основе сравнения последовательностей современных штаммов (2005-2008 гг.) и штаммов, выделенных на территории Свердловской области в период с 1966 по 1986 гг. сотрудниками Екатеринбургского НИИ вирусных инфекций (ЕНИИВИ). Таким образом, скорость нуклеотидных замен была определена напрямую путем измерения количества мутаций, появившихся у современных штаммов по сравнению с предковыми за известный промежуток времени на конкретной территории.

Для минимизации ошибки расчета скорости накопления мутаций штаммы ВКЭ должны были соответствовать следующим критериям: во-первых, места выделения штаммов должны быть расположены на близком расстоянии друг от друга; во-вторых, штаммы не должны иметь несинонимических нуклеотидных замен на исследуемом фрагменте гена Е, т.е. должны принадлежать одному кластерону; и в-третьих, они должны быть филогенетически тесно связаны между собой, т.е. представлять собой клональную группу штаммов.

Вышеперечисленным требованиям соответствовали штаммы из трех кластеронов – А, В и D. Средние значения скорости генетической изменчивости для них составили 1,35±0,39×10^-4, 1,43±0,43×10^-4, и 1,89±0,82×10^-4 нуклеотидных замен на сайт в год соответственно. Поскольку скорости, рассчитанные независимо для каждого кластерона, отличались друг от друга не более чем на 30%, для дальнейших расчетов было взято их среднее значение. Таким образом, средняя скорость для ВКЭ-Сиб составила 1,56±0.29×10^-4 нуклеотидных замен на сайт в год и оказалась близка значению скорости, определенной для ВКЭ-Дв – 1,62×10^-4, рассчитанной ранее для полноразмерного гена Е [275]. Возраст популяции ВКЭ-Сиб, определенный на основе рассчитанной средней скорости нуклеотидных замен, составил 383 (324-472) года. Другими словами, штаммы ВКЭ-Сиб должны были появиться на территории Среднего Урала не ранее XVII века.