Новости

Warning: Use of undefined constant view - assumed 'view' (this will throw an Error in a future version of PHP) in /home/users/d/dnkural/domains/dnk-ural.ru/templates/rsmetro/html/mod_breadcrumbs/default.php on line 42
Главная

Страница 1 из 6

!Памятка по сбору иксодовых клещей!

TBEV Analyzer 2.0

25.04.2024 Уважаемые друзья и гости сайта! 25 апреля отмечается Международный день ДНК! Поздравляем всех причастных к ДНК - исследованиям!!!
Scientist_DNA

10.04.2024 Уважаемые друзья и гости сайта! Только что была опубликована on-line (Ahead of Print) наша статья: Kovalev S.Y, Okulovskaya V.Y. THE FIRST RECORD OF OMSK HEMORRHAGIC FEVER VIRUS AND TICK-BORNE ENCEPHALITIS VIRUS OF BALTIC LINEAGE FROM THE KEMEROVO REGION OF RUSSIA // Vector-Borne and Zoonotic Diseases. – 2024. DOI: https://doi.org/10.1089/vbz.2023.0156. Published Online: 8 April 2024.

Abstract

Objectives: Tick-borne encephalitis virus Siberian subtype (TBEV-Sib) and Omsk hemorrhagic fever virus (OHFV) are causative agents of natural focal infections in Western Siberia, Russia. The distribution of TBEV phylogenetic lineages and OHFV in the Kemerovo Region of Western Siberia remains poorly investigated.

Methods: The phylogenetic analyses of fragment genome sequences 26 flaviviruses identified in 2019 were performed, and the amino acid variation was determined to reveal to which clusteron they belong. The age of Baltic and Asian lineages of the TBEV-Sib was calculated for Kemerovo District and Region, respectively.

Results: Twenty-five isolates were members of three TBEV-Sib phylogenetic lineages: Baltic (48%), Asian (36%), and East Siberian (16%). The Baltic lineage's eastern boundary is commonly thought to be in the Novosibirsk Region, but our data suggest that it may reach further east. Analysis of the Baltic lineage clusteron structure showed that the isolates found are unique (6) or belong to clusteron-founder 3D (1) and derived clusteron 3O (5). Based on the age of 3O clusteron, Baltic lineage could have appeared in the Kemerovo Region by the late 1970s. One of the isolated viruses turned out to be the OHFV of the first subtype and not to belong to any known clusteron. This finding is the first known detection of the virus outside the endemic area of Russia. Given the recent discovery of OHFV in Kazakhstan, it can be assumed that the area of this virus distribution is much wider than previously thought.

Conclusions: This report provides insights into the population structure of TBEV and OHFV, which may be helpful for epidemiological investigation and surveillance of the viruses.

07.01.2024 Уважаемые друзья и гости сайта! Пусть наступающий год подарит вам замечательное настроение и станет прекрасным и плодотворным периодом для достижения всех целей и планов!!!

2024

03.10.2023 Уважаемые друзья и гости сайта! Вышла версия статьи на английском языке: Pavluk T. E., A. S. Tretyakova, S. Yu. Kovalev, and N. Yu. Grudanov. First Discovery of Two Asian Pond Mussel Species (Sinanodonta) in the Reft Reservoir (Middle Urals) // Russian Journal of Biological Invasions, 2023, Vol. 14, No. 3, pp. 368–375. DOI: 10.1134/S207511172303013X

Abstract

This study presents the data on the first record of Sinanodonta woodiana and S. lauta in artificially heated site of Reftinsky reservoir by warm water discharge of the Reftinsky thermal power plant (Sverdlovsk Region, the Reft River, Ob-Irtysh River Basin). This find is the northernmost habitat of these mussels of all known. The population of this species shares the invasive haplotypes: E3 (S. woodiana) and C3 (S. lauta). The population of the mussels includes individuals of various size and different age groups, and this fact could be an indirect evidence of successful naturalization of the species. The group of older specimens (over 10 years old) is more numerous in the population of S. woodiana (56%). The group of specimens of middle age (3–6 years) is more numerous in the population of S. lauta, their share is 48%. Specimens of Sinanodonta younger than 1-year-old (shell length less than 25 mm) are absent, and specimens of 2–3 years old are not numerous. Based on molecular data and archival records on fishery use, we assume that the invasion of S. woodiana and S. lauta in the Reftinsky reservoir is associated with introduction of food fish delivered from the Volga fish-farms at the end of the 20th - the beginning of the 21st century.

08.06.2023 Уважаемые друзья и гости сайта! Только что была опубликована наша статья: Павлюк Т.Е., Третьякова А.С., Ковалёв С.Ю., Груданов Н.Ю. "ПЕРВОЕ ОБНАРУЖЕНИЕ ДВУХ ВИДОВ КИТАЙСКОЙ БЕЗЗУБКИ (SINANODONTA) В РЕФТИНСКОМ ВОДОХРАНИЛИЩЕ (СРЕДНИЙ УРАЛ)" // Российский Журнал Биологических Инвазий. 2023. - № 2, C. 124-134. DOI: 10.35885/1996-1499-16-2-124-134.

Резюме

В настоящей работе приводятся данные о находке Sinanodonta woodiana и S. lauta в искусственно прогретом участке Рефтинского водохранилища (Свердловская область, р. Рефт, бассейн р. Иртыш). Популяции Sinanodonta представлены инвазивными гаплотипами E3 (S. woodiana) и C3 (S. lauta). Популяции включают особей различных размерно-возрастных групп, что может косвенно свидетельствовать об успешной натурализации вида. В популяции S. woodiana более многочисленна группа старшевозрастных особей (более 10 лет) – 56%. В популяции S. lauta преобладают средневозрастные особи, доля которых составляет 48%. Нами не обнаружены экземпляры Sinanodonta моложе 1 года (длина раковины менее 25 мм) и малочисленны экземпляры 2–3 лет. На основе молекулярных данных, а также архивных записей по рыбохозяйственному использованию мы предполагаем, что данная инвазия Sinanodonta woodiana и S. lauta в Рефтинское водохранилище была ассоциирована с интродукцией промысловых рыб, привезённых в конце XX – начале XXI в. из волжских питомников.

25.04.2023 Уважаемые друзья и гости сайта! От всей души поздравляем с Международным днём ДНК!!!

dna

30.01.2023 Уважаемые друзья и гости сайта! Только что была принята к печати наша статья: M. Forghani, S. Kovalev, M. Khachay, E. Ramsay, M. Bolkov, P. Vasev. Identifying New Clusterons: Application of TBEV Analyzer 3.0 // Microorganisms 2023, 11(2), 324; https://doi.org/10.3390/microorganisms11020324.Published: 27 January 2023.

Abstract

Early knowledge about novel emerging viruses and rapid determination of their characteristics are crucial for public health. In this context, development of theoretical approaches to model viral evolution are important. The clusteron approach is a recent bioinformatics tool which analyzes genetic patterns of a specific E protein fragment and provides a hierarchical network structure of the viral population at three levels: subtype, lineage, and clusteron. A clusteron is a group of strains with identical amino acid (E protein fragment) signatures; members are phylogenetically closely related and feature a particular territorial distribution. This paper announces TBEV Analyzer 3.0, an analytical platform for rapidly characterizing tick-borne encephalitis virus (TBEV) strains based on the clusteron approach, workflow optimizations, and simplified parameter settings. Compared with earlier versions of TBEV Analyzer, we provide theoretical and practical enhancements to the platform. Regarding the theoretical aspect, the model of the clusteron structure, which is the core of platform analysis, has been updated by analyzing all suitable TBEV strains available in GenBank, while the practical enhancements aim at improving the platform’s functionality. Here, in addition to expanding the strain sets of prior clusterons, we introduce eleven novel clusterons through our experimental results, predominantly of the European subtype. The obtained results suggest effective application of the proposed platform as an analytical and exploratory tool in TBEV surveillance.

01.01.2023 Уважаемые друзья и гости сайта! Поздравляем с Новым годом! Желаем, чтобы в этом году все поставленные цели были достигнуты, проблемы решены, а сюрпризы были только приятными. Пусть этот год будет веселым, беззаботным и благополучным!

2023

05.12.2022 Уважаемые друзья и гости сайта! Только что была принята к печати наша статья: Robert Rollins, Kozue Sato, Minoru Nakao, Mohammed Tawfeeq Fernanda Herrera-Mesıas, Ricardo Pereira, Sergey Kovalev, Gabriele Margos, Volker Fingerle, Hiroki Kawabata, and Noemie Becker. Out of Asia? Expansion of Eurasian Lyme borreliosis causing genospecies display unique evolutionary trajectories // Molecular Ecology. First published: 02 December 2022. DOI: 10.1111/mec.16805

Abstract

Vector-borne pathogens exist in obligate transmission cycles between vector and reservoir host species. Host and vector shifts can lead to geographic expansion of infectious agents and the emergence of new diseases in susceptible individuals. Three bacterial genospecies (Borrelia afzelii, Borrelia bavariensis, and Borrelia garinii) predominantly utilize two distinct tick species as vectors in Asia (Ixodes persulcatus) and Europe (Ixodes ricinus). Through these vectors, the bacteria can infect various vertebrate groups (e.g. rodents, birds) including humans where they cause Lyme borreliosis, the most common vector-borne disease in the Northern hemisphere. Yet, how and in which order the three Borrelia genospecies colonized each continent remains unclear including the evolutionary consequences of this geographic expansion. Here, by reconstructing the evolutionary history of 142 Eurasian isolates, we find evidence that the ancestors of each of the three genospecies likely have an Asian origin. Even so each genospecies studied displayed a unique sub-structuring and evolutionary response to the colonization of Europe. The pattern of allele sharing between continents is consistent with the dispersal rate of the respective vertebrate hosts, supporting the concept that adaptation of Borrelia genospecies to the host is important for pathogen dispersal. Our results highlight that Eurasian Lyme borreliosis agents are all capable of geographic expansion with host association influencing their dispersal; further displaying the importance of host and vector association to the geographic expansion of vector-borne pathogens and potentially conditioning their capacity as emergent pathogens.

02.09.2022 Уважаемые друзья и гости сайта! Только что была опубликована наша статья: M. Forghani, S. Kovalev, V. Dedkov, E. Ramsay and M. Bolkov, "Introducing OHFV Analyzer, a Tool for Automated Analysis of Omsk Hemorrhagic Fever Virus Dynamics," 2022 Ural-Siberian Conference on Computational Technologies in Cognitive Science, Genomics and Biomedicine (CSGB), 2022, pp. 190-193, doi: 10.1109/CSGB56354.2022.9865415.

Abstract:

Viral population surveillance is an essential task in public health, especially in preventing pandemics. The Omsk hemorrhagic fever virus (OHFV) is an etiological agent which is close to tick-borne encephalitis virus. Mainly, it is geographically limited to western Siberian regions, including Omsk, Novosibirsk, Kurgan, and Tyumen. Earlier, we presented an online platform, TBEV-Analyzer, for analysis and monitoring of TBEV. That platform relies on a model called clusteron structure, constructed based on phylogenetic networks. Using that experience, we introduce here OHFV Analyzer, an online analytical platform designed for specifically monitoring the Omsk hemorrhagic fever virus. The platform can automatically determine the phylogenetic history of a query strain based on analysis of a specific E protein fragment. In addition, the platform provides the specific amino acid signature of the clusteron to which the query belongs and presents a visualization of it superimposed on the envelope glycoprotein surface. We believe the proposed platform can serve as an exploratory tool for OHFV monitoring while helping to better understand the pathogen's genetic diversity and evolutionary history.

01.09.2022 Уважаемые друзья и гости сайта! Поздравляем с Днем знаний и началом учебного года!

september

05.05.2022 Уважаемые друзья и гости сайта! С Днём Победы! Пусть мужество и героизм этого великого праздника никогда и никем не забываются. Пусть дух победы воодушевляет сердца и ведёт вперёд — к новым подвигам, успехам и достижениям.

Источник: https://sdelairukami.ru/originalnye-pozdravleniya-s-9-maya-korotkie-sms-stihi-proza/

30.04.2022 Уважаемые друзья и гости сайта! С поздравляем с 1 Мая! Праздником Весны и Труда!

1may

11.01.2022 Уважаемые друзья и гости сайта! Только что была опубликована наша статья: Kovalev S.Y, Mazurina E.A. OMSK HEMORRHAGIC FEVER VIRUS IS A TICK-BORNE ENCEPHALITIS VIRUS ADAPTED TO MUSKRAT THROUGH HOST-JUMPING // Journal of Medical Virology. – 2022. DOI:10.1002/jmv.27581. First published: 09 January 2022

Abstract

Omsk hemorrhagic fever was first described in the early 1940s and is a natural focal infection, spread exclusively in four regions of Western Siberia and associated with muskrat (Ondatra zibethicus). The etiological agent of this disease is the Omsk hemorrhagic fever virus (OHFV) which is closely related to the tick-borne encephalitis virus (TBEV), and its range entirely lies within the TBEV area. OHFV belongs to the mammalian tick-borne flaviviruses and the ecological group of arboviruses. The problem concerning the origin of OHFV remains unresolved to date. This work analyzed all nucleotide sequences of the OHFV genome obtained in the present study and available in GenBank, including the E gene fragment and the amino acid sequences of the surface glycoprotein encoded by it. The conclusions, based on the clusteron approach, suggest that OHFV originated directly from the TBEV of the Far Eastern subtype due to the host-jump phenomenon, that is, through a rapid change from an arthropod host, Ixodes persulcatus, to a rodent, O. zibethicus. The muskrat was introduced to Western Siberia in the second half of the 1930s. The peculiarities of the biology and ecology of the muskrat in the new habitat became the reason for the TBEV cross-species transmission. Calculations show that host-jumping occurred between 1931 and 1947 and accompanied a cascade of adaptive amino acid substitutions in protein E. As a result, the virus changed its transmission to contact, alimentary, and airborne routes. Based on the data obtained, OHFV would be more correctly attributed to zoonotic viruses transmitted by rodents and, accordingly, to the ecological group of roboviruses.

OHFV

30.12.2021 Коллектив ЛМГ поздравляет С Новым годом! Пусть этот год принесет нам много счастья, удачи, улыбок, тепла и света. Пусть он будет полон ярких красок, приятных впечатлений и радостных событий. Желаю всем в новом году быть здоровыми, красивыми, любимыми и успешными!

2022

27.11.2021 Коллектив ЛМГ УрФУ от всей души поздравляет магистранта Елену Мазурину с Поощрительной премией XXIV Областного конкурса студенческих научных работ "Научный Олимп" в номинации "Естественные науки"!!! Желаем процветания и успехов в профессиональной деятельности!

01.11.2021 Уважаемые друзья и гости сайта! Только что была опубликована наша статья: Forghani M., Kovalev S., Bolkov M., Khachay M. & Vasev P. TBEV analyzer platform for evolutionary analysis and monitoring tick-borne encephalitis virus: 2020 update // Biostatistics & Epidemiology. – 2021. DOI:10.1080/24709360.2021.1985392

Abstract

Viral surveillance is an essential task in public health that yields specific data, such as biological and epidemiological characteristics, crucial in the fight against viruses. We have recently developed an online platform for monitoring of Tick-Borne Encephalitis Virus, TBEV Analyzer, equipped with phylogenetic analysis and geographic map visualization functions. The phylogenetic analysis employs the clusteron approach, which has been earlier proposed by one of the authors of this paper. The analysis is based on a genetic pattern and provides three-fold hierarchical information about subtype, phylogenetic lineage, and clusteron. A clusteron is a group of TBEV strains with identical amino acid sequences of the glycoprotein E fragment, as a rule phylogeographically close, and having a certain type of territorial distribution. We enhance the algorithms and quality of visualization by integrating our platform with the GenBank database, adding a heat map distribution, and providing more details in the analysis report. To demonstrate the performance of the upgraded system, we analyze recent strains published in GenBank and compare them with the results of the manual analysis performed by a specialist. The results show that the system can rapidly and accurately determine query strain characteristics. This suggests possible applications in the field of public health.

14.06.2021 Уважаемые друзья и гости сайта! Вы можете ознакомиться с преринтом нашей статьи: Robert Rollins, Kozue Sato, Minoru Nakao, Mohammed Tawfeeq Fernanda Herrera-Mesıas, Ricardo Pereira, Sergey Kovalev, Gabriele Margos, Volker Fingerle, Hiroki Kawabata, and Noemie Becker. Out of Asia? Vector switches leading to the expansion of Eurasian Lyme disease bacteria // Authorea. June 12, 2021. DOI: 10.22541/au.162349910.03254322/v1

Abstract

Vector-borne pathogens exist in obligate transmission cycles between vector and reservoir host species. Host shifts can lead to geographic expansion and the emergence of new diseases. Three etiological agents of human Lyme borreliosis (Borrelia afzelii, Borrelia bavariensis, and Borrelia garinii) predominantly utilize two distinct tick species as vectors in Asia (Ixodes persulcatus) and Europe (Ixodes ricinus) but how and in which order they colonized each continent remains unknown. Here, by reconstructing the evolutionary history of 142 Eurasian isolates, we show that all three Borrelia genospecies evolved from an Asian origin, suggesting that successful expansion into Europe resulted through invading a novel vector. The pattern of gene flow between continents is different between genospecies and most likely conditioned by reservoir host association and their dispersal. Our results highlight that Eurasian Lyme borreliosis agents are all capable of geographic expansion through vector shifts, but potentially differ in their capacity as emergent pathogens.

04.06.2021 Уважаемые друзья и гости сайта! Только что была опубликована наша статья - препринт Kovalev SY, Yakimenko VV Kama virus (KAMV) is an atypical representative of the seabird tick-borne flaviviruses // Virus Genes (2021), Available online 04 June 2021, In Press, Journal Pre-proof. DOI: https://doi.org/10.1007/s11262-021-01849-6

Abstract

According to modern classification, tick-borne flaviviruses have been divided into a mammalian tick-borne virus group and a seabird tick-borne virus group (STBVG). The STBVG includes the Tyuleniy virus, Meaban virus, Saumarez Reef virus, and the recently discovered Kama virus (KAMV). The latter was isolated from Ixodes lividus, an obligate parasitic tick of the sand martin (Riparia riparia), in 1989 in the central part of the Russian Plain. In 2014, based on molecular genetic analysis, it was shown that KAMV is a new virus belonging to STBVG, genus Flavivirus, fam. Flaviviridae. Very little is known about the Kama virus concerning its range, vectors, and reservoir hosts. GenBank contains a single sequence of the complete genome of this virus. In the present study, the complete genome sequences of two strains, isolated in 1983 in the Omsk region (Western Siberia) from gamasid mites in the nests of rooks (Corvus frugilegus), have been determined. Phylogenetic analyses of their genomes showed a close relationship both with each other (approx. 98.9% nucleotide identity) and with KAMV isolated in European Russia (approx. 98.4% nucleotide identity). The ecological features of KAMV that are due to the species of the vector (gamasid mites) and its hosts (colonial birds of the mainland of Eurasia) indicate that KAMV is an atypical representative STBVG.

09.05.2021 Уважаемые друзья и гости сайта! С Днем Победы! Желаем, чтобы над головой всегда было мирное небо, чтобы этот мир каждый день дарил только счастье, радость, веселые улыбки и звонкий смех детей. Пусть отголоски войны останутся только в книгах и фильмах, пусть в сердцах наших живет гордость за подвиги героев Отечества.

30.04.2021 Уважаемые друзья и гости сайта! С Первомаем! Пусть любая работа всегда будет в удовольствие и по плечу, а отдых — головокружительным и запоминающимся. Хорошего настроения, гармонии, энергии, вдохновения, веселья, только радостных событий, больших и маленьких побед каждый день!

01.01.2021 Уважаемые друзья и гости сайта! Пусть Новый год подарит вам множество возможностей, наполнит каждый ваш день радостью, превратить ваши мечты в реальность, а все ваши усилия — в отличные результаты. С Новым годом!

22.12.2020 Уважаемые друзья и гости сайта! Только что была опубликована наша статья - препринт SY Kovalev, EA Mazurina, VV Yakimenko Molecular variability and genetic structure of Omsk hemorrhagic fever virus, based on analysis of the complete genome sequences // Ticks and Tick-borne Diseases. Available online 16 December 2020, 101627. In Press, Journal Pre-proof. DOI: https://doi.org/10.1016/j.ttbdis.2020.101627

Abstract

Omsk hemorrhagic fever virus (OHFV) is the etiological agent of Omsk hemorrhagic fever, a disease described in the 1940s in Western Siberia. However, until now, it has been represented in GenBank by just four complete genome sequences, which does not reflect the real genetic diversity of the virus in nature. In this study, we analyzed the molecular variability and genetic structure of OHFV based on 20 complete genome sequences, fifteen of which were obtained for the first time. All these sequences belong to virus strains isolated at different times from three regions of Western Siberia. The results suggest that the genetic diversity of OHFV is significantly wider than previously thought and is represented by at least three subtypes, rather than two. This broadens our understanding of the evolutionary history of OHFV. Also, it is argued that the OHFV reference strain Bogoluvovska (NC_005062) is actually a Kubrin strain and that either cross-contamination or a laboratory error was the cause of this.

19.10.2020 Поздравляем родной университет с 100-летним юбилеем!

Долгих лет благополучия и процветания!!! UrFU_100 07.07.2020 Мы поздравляем Мазурину Елену с окончанием УрФУ! Это важное событие, которое открывает двери в жизнь! Пусть диплом будет пропуском на хорошую и интересную работу! Желаем успешной карьеры и доброго пути!

01.06.2020 Уважаемые друзья и гости сайта! Исследователями из Германии при нашем участии была опубликована статья - препринт Becker NS, RE Rollins, K Nosenko, A Paulus, S Martin, S Krebs, A Takano, K Sato, SY Kovalev, H Kawabata, V Fingerle, G Margos High conservation combined with high plasticity: genomics and evolution of Borrelia bavariensis // Preprint from Research Square, 26 May 2020 DOI: 10.21203/rs.3.rs-29892/v1

Abstract

Background Borrelia bavariensis is one of the agents of Lyme Borreliosis (or Lyme disease) in Eurasia. The genome of the Borrelia burgdorferi sensu lato species complex, that includes B. bavariensis, is known to be very complex and fragmented making the assembly of whole genomes with next-generation sequencing data a challenge. Results We present a genome reconstruction for 33 B. bavariensis isolates from Eurasia based on long-read (Pacific Bioscience, for three isolates) and short-read (Illumina) data. We show that the combination of both sequencing techniques allows proper genome reconstruction of all plasmids in most cases but us e of a very close reference is necessary when only short-read sequencing data is available. B. bavariensis genomes combine a high degree of genetic conservation with high plasticity: all isolates share the main chromosome and five plasmids, but the repertoire of other plasmids is highly variable. In addition to plasmid losses and gains through horizontal transfer, we also observe several fusions between plasmids. Although European isolates of B. bavariensis have little diversity in genome content, there is some geographic structure to this variation. In contrast, each Asian isolate has a unique plasmid repertoire and we observe no geographically based differences between Japanese and Russian isolates. Comparing the genomes of Asian and European populations of B. bavariensis suggest s that some genes which are markedly different between the two populations may be good candidates for adaptation to the tick vector, (Ixodes ricinus in Europe and I. persulcatus in Asia). Conclusions We present the characterization of genomes of a large sample of B. bavariensis isolates and show that their plasmid content is highly variable. This study opens the way for genomic studies seeking to understand host and vector adaptation as well as human pathogenicity in Eurasian Lyme borreliosis agents.

23.04.2020 Уважаемые друзья и гости сайта! Сегодня вышла обновленная версия информационного-аналитичского ресурса TBEV Analyzer 2.0 для изучения генетической, популяционной и географической структуры вируса клещевого энцефалита (ВКЭ). Ресурс прежде всего предназначен для специалистов вирусологов, молекулярных биологов, сотрудников служб Роспотребнадзора, а также для всех тех, кто интересуется вопросами происхождения, распространения и эволюции ВКЭ.

07.02.2020 Уважаемые друзья и гости сайта! Сегодня в журнале Infection, Genetics and Evolution по результатам нашей работы былa опубликована online статья "Phylogeographical diversity of Anaplasma phagocytophilum in the Asian part of Russia based on multilocus sequence typing and analysis of the ankA gene" (https://doi.org/10.1016/j.meegid.2020.104234).

Abstract

Anaplasma phagocytophilum is a tick-transmitted bacterium that replicates in neutrophil granulocytes and elicits febrile disease in humans and animals; it is widely distributed in the Americas, Europe, Africa, and Asia. A. phagocytophilum is commonly regarded as a single species, but several genetic variants with distinct host distribution and geographical origin have been described. In a previous study, we used multilocus sequence typing (MLST) to characterize 25 A. phagocytophilum strains from Ixodes spp. ticks collected in the Asian part of Russia. The obtained concatenated sequences formed two separate clades reflecting their Asiatic origin and/or the vector species. As one of the clades was related to A. phagocytophilum strains from European voles and shrews, we here extended our analysis to seven samples from the northern red-backed vole Myodes rutilus and included 38 additional strains of Asiatic origin from Ixodes persulcatus, I. pavlovskyi, and their hybrids. Further, the ankA gene was sequenced in 59 A. phagocytophilum strains from ticks and voles. The Russian strains belonged to the two new MLST clusters 5 (38/70) and 6 (32/70), previously referred to as clades within clusters 1 and 3, respectively. The total number of sequence types (STs) found was 27 including 12 new STs. The ankA sequences were unique and formed two new clusters: cluster 8 (34/59) and cluster 10 (25/59). The concordance between MLST and ankA-based typing was 100%. This means that at least two distinct genetic groups of A. phagocytophilum circulate in the Asian Part of Russia whose reservoir hosts and transmission cycles have to be further elucidated.

23.01.2020 Уважаемые друзья и гости сайта! 16 января была опубликована он-line наша статья TBEV Analyzer: a Platform for Evolutionary Analysis of Tick-borne Encephalitis Virus. In 2019 International Multi-Conference on Engineering, Computer and Information Sciences (SIBIRCON) (pp. 0397-0402). IEEE. Published online: 16 January 2020. DOI: 10.1109/SIBIRCON48586.2019.8958021

Abstract

Tick-borne encephalitis virus (TBEV) is a causative agent an extremely dangerous infectious disease, often characterized by damage to the central nervous system, which sometimes leads to serious health problems, such as disability and even death. Currently, there is no global organized platform that could help researchers to study the virus, understand its evolution and localization, conduct a variety of modern mathematical and phylogenetic analyzes, automatically draw conclusions and visualize them for interpretation and decision making. Such a system could lead, as a result, to more effective actions for predicting the virus evolution. In this paper, we propose an online platform called TBEV analyzer which serves as an analytical tool in two directions - fundamental research on the virus evolution and the solution of practical problems related to public health. The platform has been developed specifically for virologists, molecular epidemiologists, evolutionists and other researchers who work with tick-borne encephalitis virus. The platform has two major benefits: first, it allows the user to concentrate on the result of analysis without concerning about computational aspects, and second, with reproducibility of system, it provides unique results associated with specific target query.

27.12.2019 Коллектив Лаборатории молекулярной генетики скренне поздравляет Вас с наступающим Новым годом! Желает Вам в грядущем году быть в окружении исключительно положительных и доброжелательных людей, переживать только приятные эмоции, радоваться каждому прожитому дню, дарить радость и улыбки окружающим. И пусть этот Новый год станет для Вас особенным!!!

NY-2020

21.05.2019 Лаботория молекулярной генетики приглашает к взаимовыгодному сотрудничеству исследователей, научные лабораторатории, региональные и областные подразделения службы Роспотребнадзора, а также другие заинтересованные организации не только из РФ, но, также из стран ближнего зарубежья для проведения научных работ по изучению генетического разнообразия возбудителей природно-очаговых инфекций. Предпочтительным объектом исследования являются клещевые флавивирусы, в частности, вирус клещевого энцефалита. Форма сотрудничества может быть разнообразной: написание и реализация научных грантов, выполнениие конкретного заказ-наряда на проведение исследования (при условии финансирования), инициативные проекты, при условии если тема представляет особый научный интерес (в последнем случае наша лаборатория найдет средства для ее реализации). Надеемся на плодотворное сотрудничество.

Выражаем благодарность всем тем, кто откликнулся на наше предложение! Мы остановили свой выбор на тех, кто заинтересовал нас, как в плане возможности финансовой поддержки, так и важности получаемых результатов. К сожалению, мы временно (на пару лет) будем недоступны для сотрудничества. Спасибо за понимание.

19.03.2019 Уважаемые друзья и гости сайта! Сегодня в журнале Ticks and tick-borne diseases по результатам нашей работы былa опубликована online статья "Asian isolates of Anaplasma phagocytophilum: Multilocus sequence typing" (https://doi.org/10.1016/j.ttbdis.2019.03.011). В настоящей статье впервые предеставлены результаты мультилокусного сиквенс-типирования Anaplasma phagocytophilum, выделенных из азиатской части России.

_^Abstract

_{^{Anaplasma phagocytophilum is the bacterial agent of granulocytic anaplasmosis in humans and animals; it is widely distributed in Eurasia and North America and transmitted mainly by Ixodes ticks. Several approaches have been used to study genetic diversity in A. phagocytophilum, multilocus sequence typing (MLST) currently being the most reliable and comparable. The MLST method based on seven housekeeping loci, 2877 bp total length, has been used to create and maintain the MLST database available worldwide (https://pubmlst.org/aphagocytophilum/). Before this study, the database contained 150 sequence types (STs) and 418 isolates, 397 of them originating from Europe and 21 from the USA, with none from Asia. We typed 25 A. phagocytophilum isolated from Ixodes ticks collected in the Asian part of Russia and compared the results with the conventional 16S rRNA typing. Substantial variability in the primer binding sites was found, so we had to modify the original primers for six out of seven loci. None of the sequences obtained matched those from the database; 15 new STs and 39 new alleles were revealed. Russian isolates belonged to two clusters, cluster 1 (19 isolates) and 3 (6 isolates), in both of which they formed separate clades. For the first time, we found A. phagocytophilum isolates from Ixodes persulcatus and I. pavlovskyi to belong to cluster 3, previously containing only the strains from voles and shrews. Further research is needed to estimate the prevalence of two MLST clusters of A. phagocytophilum in ticks and vertebrate hosts in Asia.}}

27.12.2018 Коллектив лаборатории молекулярной генетики поздравляет преподавателей, студентов, а также коллег по цеху с Новым годом!

Мы желаем счастья, денег
И улыбки на лице,
Свежих мыслей, направлений,
Чтоб новую поставить цель.

29.06.2018 Вот и настал самый главный день - вручение дипломов об окончании Alma Mater!

15.06.2018 Коллектив лаборатории молекулярной генетики от всей души поздравляет Марию Михайлищеву и Дарью Шаихову с отличной защитой магистерских диссертаций!

20.05.2018 Уважаемые друзья, коллеги и читатели нашего сайта! Наконец-то вышел долгожданный приказ Минобрнауки о выдаче мне - руководителю лаборатории молекулярной генетики Ковалеву Сергею Юрьевичу - диплома доктора биологических наук №487/нк от 07 мая 2018.

Успешно закончилась драматическая история защиты докторской диссертации, длившаяся почти три года. Выражаю глубокую признательность всем тем, кто поддерживал меня несмотря ни на что, все эти годы! За это время мне пришлось пройти три диссертационных совета, встретиться с множеством докторов наук, ощутить на себе проявление многих человеческих качеств - от великодушия, веры в человека и принципиальности до трусости, предательства и подлости. В целом, я оцениваю этот период как настоящую школу жизни, из которой я вышел духовно окрепшим, с верой в собственные силы и в то дело, которому посвятил последние 15 лет. В ближайшем будущем я обязательно расскажу эту занимательную историю - возможно, для кого-то она будет поучительной.

07.05.2018 Уважаемые друзья, коллеги и читатели нашего сайта! Поздравляем Всех с праздником! Никто не забыт и ничто не забыто!!!

07.03.2018 Лаборатория молекулярной генетики поздравляет всех сотрудниц кафедры эксперимаентальной биологии и биотехнологий с наступающим международным женским Днем 8 Марта!

05.03.2018 Уважаемые друзья и гости сайта! Сегодня online в журнале Ticks and tick-borne diseases по результатам нашей работы было опубликовано краткое сообщение Molecular features of Ixodes kazakstani: first results (https://doi.org/10.1016/j.ttbdis.2018.02.019). В статье впервые приводится молекулярно-генетическая характеристика иксодового клеща Ixodes kazakstani, который считается близким родственником клещей комплекса Ixodes persulcatus, однако в данной статье мы приводим доказательства того, что дело обстоит несколько иначе, чем представлялось ранее. Надо отметить, что данная публикация является началом цикла работ по молекулярной систематике иксодовых клещей группы Ixodes ricinus.

Abstract

Ticks of the Ixodes ricinus group are important vectors of human pathogens in both Eurasia and North America; therefore, many studies have focused on their molecular systematics and evolutionary relationships. However, there are species that have not been characterized by molecular genetic methods so far. For the first time, we obtained nucleotide sequences of two nuclear and three mitochondrial genetic markers from four museum specimen of I. kazakstani Olenev et Sorokoumov, 1934, collected in Kyrgyzstan. The phylogenetic analysis showed that I. kazakstani undoubtedly belongs to the I. ricinus group but is not closely related to I. persulcatus, as was expected. Further studies of the genetic features of I. kazakstani, presumably an intermediate between Nearctic and Palearctic species, would elucidate the evolutionary relationships between tick species within the I. ricinus group.

29.12.2017 Дорогие друзья и гости сайта, поздравляем вас с Новым годом! Желаем много радости и смеха, улыбок, искренности и добра! Пусть счастьем и достатком наполняются ваши дома. Будьте здоровы, всегда с великолепным настроением, и пусть в Новом году все самые сокровенные мечты исполнятся! С праздником!

01.12.2017 Поздравляем Шаихову Дарью, магистранта 2 года обучения, с вручением стипендии первого Президента России Б.Н. Ельцина и желаем дальнейших успехов!

26.10.2017 Уважаемые друзья и гости сайта! Сегодня было опубликовано наше письмо редактору журнала Ticks and tick-borne diseases под названием An improved real-time PCR method to identify hybrids between Ixodes persulcatus and Ixodes ricinus ticks (https://doi.org/10.1016/j.ttbdis.2017.10.011). Информация содержащаяся в нем является дополненнием к ранее опубликованной в этом же журнале нашей статье Natural hybridization between Ixodes ricinus and I. persulcatus ticks evidenced by molecular genetics methods. Нам удалось упростить метод PCR в реальном времени и поднять его чувствительность для выявления гибридов и беккроссов между этими видами клещей.

Abstract

In 2016, we identified genetic hybrids between Ixodes persulcatus and Ixodes ricinus collected in their sympatric zone in Estonia. We acknowledge that the real-time PCR method used in the original article was two-stage, therefore time-consuming, and suffered from decreased sensitivity due to the use of common primers. In this letter, we propose a modified method overcoming these drawbacks.

18.09.2017 Уважаемые друзья и гости сайта! Для всех, кто следит за нашими публикациями, сообщаем хорошую новость - только что вышла наша новая статья: Reconsidering the classification of tick-borne encephalitis virus within the Siberian subtype gives new insights into its evolutionary history в журнале Infection, Genetics and Evolution (https://doi.org/10.1016/j.meegid.2017.09.014). Данной статьей мы завершаем первый этап работы по определению структуры популяций вируса клещевого энцефалита и его эволюционной истории.

Abstract

Tick-borne encephalitis is widespread in Eurasia and transmitted by Ixodes ticks. Classification of its causative agent, tick-borne encephalitis virus (TBEV), includes three subtypes, namely Far-Eastern, European, and Siberian (TBEV-Sib), as well as a group of 886-84-like strains with uncertain taxonomic status. TBEV-Sib is subdivided into three phylogenetic lineages: Baltic, Asian, and South-Siberian. A reason to reconsider TBEV-Sib classification was the analysis of 186 nucleotide sequences of an E gene fragment submitted to GenBank during the last two years. Within the South-Siberian lineage, we have identified a distinct group with prototype strains Aina and Vasilchenko as an individual lineage named East-Siberian. The analysis of reclassified lineages has promoted a new model of the evolutionary history of TBEV-Sib lineages and TBEV-Sib as a whole. Moreover, we present arguments supporting separation of 886-84-like strains into an individual TBEV subtype, which we propose to name Baikalian (TBEV-Bkl).

01.09.2017 Уважаемые студенты и преподаватели! Поздравляю нас всех с 1 сентября. После жарких летних каникул мы, отдохнувшие, набравшиеся новых сил, приступаем к новому учебному году. Всем студентам желаю легко и с энтузиазмом получать новые знания. Преподавателям же пожелаю много терпения, энергии и вдохновения. Пусть этот учебный год будет полон ярких событий, побед и свершений!

17.06.2017 15 июня состоялась защита выпускных квалификационных работ бакалавров и магистерских диссертаций студентов кафедры экспериментальной биологии и биотехнологий. Поздравляем выпускников с успешной защитой! Это одно из важных событий в жизни и решающий момент в судьбе каждого. Все дороги открыты, все возможности доступны, все необходимое для реализации планов, амбиций получено в багаж знаний. Хочется пожелать энтузиазма, грандиозных целей, больших проектов, чтобы все что было задумано, стало явью. Вперед к победам, новым горизонтам, светлому будущему!

07.05.2017 Уважаемые друзья, коллеги и читатели нашего сайта! Поздравляем Всех с праздником! Никто не забыт и ничто не забыто!!!

30.04.2017 Уважаемые друзья, коллеги и читатели нашего сайта! Поздравляем Всех с праздником!

Желаем вам никогда не скучать, работать с большим удовольствием, ходить нехожеными дорогами и открывать все новое и удивительное! Пусть в вашем доме и в вашей жизни всегда живут радость и счастье!
1-may

11.03.2017 Внимание! В ЛМГ изменился телефонный номер.

Теперь с нами можно связаться по номеру: +7 (343) 389-97-21

06.02.2017 Пополнение фотоархива - ученики поздравляют Учителя с новым статусом!

26.01.2017 Поздравляем заведующего нашей Лабораторией Ковалева Сергея Юрьевича с блестящей защитой докторской диссертации! И желаем дальнейших творческих успехов!

15.01.2017 Уважаемые друзья и гости сайта! Для всех, кто интересуется нашими работами, сообщаем хорошую новость - только что вышла наша статья Bacteria of the Family ‘Candidatus Midichloriaceae’ in Sympatric Zones of Ixodes Ticks: Genetic Evidence for Vertical Transmission в журнале Microbial Ecology. В данной статье мы приводим доказательства вертикальной передачи симбиотической бактерии Montezuma (в настоящее время ‘Candidatus Lariskella arthropodarum’) у клещей Ixodes persulcatus.

Abstract

Ixodes ticks transmit infectious agents and also harbor their own parasites and symbionts. The presumptive endosymbiont of Ixodes ricinus, ‘Candidatus Midichloria mitochondrii’, has a unique ability to invade mitochondria within tick ovarian cells and is transovarially transmitted with 100% efficiency. A closely related bacterium, provisionally named Montezuma (now ‘Candidatus Lariskella arthropodarum’), was isolated from the Ixodes persulcatus ticks and human blood in 2004 as well as from Ixodes pavlovskyi in 2015. These microorganisms belong to the family ‘Candidatus Midichloriaceae fam. nov.’ and were detected not only in tick salivary glands, but also in animal blood. Nevertheless, the relative importance of vertical and horizontal routes for their transmission or maintenance in natural tick populations remains unclear. We analyzed the prevalence of L. arthropodarum and M. mitochondrii in two sympatric zones, where I. persulcatus/I. ricinus and I. persulcatus/I. pavlovskyi cohabit and produce interspecific hybrids. A specificity of the associations of L. arthropodarum with I. persulcatus (100%) and M. mitochondrii with I. ricinus (96.2%) was observed in the sympatric zone in Estonia, possibly showing poor contribution of the horizontal route to the overall prevalence of endosymbionts. L. arthropodarum was observed probably multiplying in I. pavlovskyi and also subjected to transovarial transmission, but much less efficiently compared to I. persulcatus. We revealed two new genetic variants of the rrl-rrf intergenic spacer of L. arthropodarum isolated from I. pavlovskyi ticks that possibly could indicate an ongoing process of adaptation of the microorganism to a new host species.