2024

• Kovalev S.Y, Okulovskaya V.Y. The First Record of Omsk Hemorrhagic Fever Virus and Tick-Borne Encephalitis Virus of Baltic Lineage from the Kemerovo Region of Russia // Vector-Borne and Zoonotic Diseases. – 2024. DOI: https://doi.org/10.1089/vbz.2023.0156. Published Online: 8 April 2024.

2023

• Pavluk T. E., A. S. Tretyakov, S. Yu. Kovalev, and N. Yu. Grudanov. First Discovery of Two Asian Pond Mussel Species (Sinanodonta) in the Reft Reservoir (Middle Urals) // Russian Journal of Biological Invasions, 2023, Vol. 14, No. 3, pp. 368–375. DOI: 10.1134/S207511172303013X
  
• Павлюк  Т.Е.,  Третьякова  А.С.,  Ковалёв  С.Ю.,  Груданов  Н.Ю. Первое обнаружение двух видов китайской беззубки (Sinanodonta) в Рефтинском водохранилище (Средний Урал) // Российский Журнал Биологических Инвазий. – 2023. – № 2. – с. 124-134. DOI: 10.35885/1996-1499-16-2-124-134.
• Forghani M., S. Kovalev, M. Khachay, E. Ramsay, M. Bolkov, P. Vasev. Identifying New Clusterons: Application of TBEV Analyzer 3.0 // Microorganisms 2023, 11(2), 324; https://doi.org/10.3390/microorganisms11020324. Published: 27 January 2023.
• Rollins Robert , Kozue Sato, Minoru Nakao, Mohammed Tawfeeq Fernanda Herrera-Mesıas, Ricardo Pereira, Sergey Kovalev, Gabriele Margos, Volker Fingerle, Hiroki Kawabata, and Noemie Becker. Out of Asia? Expansion of Eurasian Lyme borreliosis causing genospecies display unique evolutionary trajectories // Molecular Ecology. - 2023; 32(4). – p. 786-799. First published: 02 December 2022. DOI: 10.1111/mec.16805

2022

• Forghani M., Kovalev S., Dedkov V., Ramsay E. and Bolkov M. Introducing OHFV Analyzer, a Tool for Automated Analysis of Omsk Hemorrhagic Fever Virus Dynamics // 2022 Ural-Siberian Conference on Computational Technologies in Cognitive Science, Genomics and Biomedicine (CSGB), 2022, pp. 190-193, doi: 10.1109/CSGB56354.2022.9865415.
• Kovalev S.Y, Mazurina E.A. Omsk hemorrhagic fever virus is a tick‐borne encephalitis virus adapted to muskrat through host‐jumping // Journal of Medical Virology. – 2022. – V. 94(6). – p. 2510-2518.  DOI:10.1002/jmv.27581. First published: 09 January 2022
• Forghani M., Kovalev S., Bolkov M., Khachay M. & Vasev P.  TBEV analyzer platform for evolutionary analysis and monitoring tick-borne encephalitis virus: 2020 update // Biostatistics & Epidemiology. – 2022. – V. 6(1). – p. 57-73. Published online: 29 Oct 2021. DOI:10.1080/24709360.2021.1985392

2021

• Kovalev SY, Yakimenko VV Kama virus (KAMV) is an atypical representative of the seabird tick-borne flaviviruses // Virus Genes. – 2021 – V.57(4). – 395-399. Available online 04 June 2021, DOI: https://doi.org/10.1007/s11262-021-01849-6
• Kovalev SY, Mazurina EA, Yakimenko VV Molecular variability and genetic structure of Omsk hemorrhagic fever virus, based on analysis of the complete genome sequences // Ticks and Tick-borne Diseases.  March 2021. – V.12(2). – 101627. Available online 16 December 2020. DOI: https://doi.org/10.1016/j.ttbdis.2020.101627

2020

• Becker NS, RE Rollins, K Nosenko, A Paulus, S Martin, S Krebs, A Takano, K Sato, SY Kovalev, H Kawabata, V Fingerle, G Margos  High conservation combined with high plasticity: genomics and evolution of Borrelia bavariensis // BMC Genomics. – 8 October 2020. – V.21: Article number: 702. Published online: 26 May 2020. DOI: https://doi.org/10.1186/s12864-020-07054-3
• Mukhacheva T.A., Shaikhova D.R., Kovalev S.Y.,von Loewenich F.D. Phylogeographical diversity of Anaplasma phagocytophilum in the Asian part of Russia based on multilocus sequence typing and analysis of the ankA gene // Infection, Genetics and Evolution. – V.80. – June 2020, 104234. Published online: 4 February 2020. DOI: https://doi.org/10.1016/j.meegid.2020.104234
  

2019

• Forghani, M., Kovalev, S., Vasev, P., & Bolkov, M. (2019, October). TBEV Analyzer: a Platform for Evolutionary Analysis of Tick-borne Encephalitis Virus. In 2019 International Multi-Conference on Engineering, Computer and Information Sciences (SIBIRCON) (pp. 0397-0402). IEEE. Published online: 16 January 2020. DOI: 10.1109/SIBIRCON48586.2019.8958021
• Mukhacheva T.A., Shaikhova D.R., Kovalev S.Y. Asian isolates of Anaplasma phagocytophilum: Multilocus sequence typing // Ticks and Tick-borne Diseases. – March 2019. – V.10(4). – 775-780. Published online: 18 March 2019. DOI:10.1016/j.ttbdis.2019.03.011

2018

• Kovalev S.Y.,  Fedorova S.Zh.,  Mukhacheva T.A. Molecular features of Ixodes kazakstani: first results // Ticks and Tick-borne Diseases. Short communication. – March 2018. – V.9(3). – 759-761. Published online: 5 March 2018. DOI:10.1016/j.ttbdis.2018.02.019
• Kovalev, S.Y., Mukhacheva, T.A. An improved real-time PCR method to identify hybrids between Ixodes persulcatus and Ixodes ricinus ticks // Ticks and Tick-borne Diseases. Letter to Editor. – January 2018. – V.9(1). – p.37-38. Published online: 26 October 2017. DOI:10.1016/j.ttbdis.2017.10.011

2017

• Kovalev, S.Y., Mukhacheva, T.A. Reconsidering the classification of tick-borne encephalitis virus within the Siberian subtype gives new insights into its evolutionary history // Infection, Genetics and Evolution. – November 2017. – V.55. – p.159-165. Available online 15 September 2017. DOI:10.1016/j.meegid.2017.09.014
• Mukhacheva T.A., Kovalev S.Y. Bacteria of the Family ‘Candidatus Midichloriaceae’ in Sympatric Zones of Ixodes Ticks: Genetic Evidence for Vertical Transmission // Microbial Ecology. – June 2017. – V.74(1). – p.185-193. Article first published online: 14 January 2017. DOI:10.1007/s00248-017-0932-z
• Gabriele Margos,  Durdica Marosevic,  Sally Cutler,  Marketa Derdakova,  Maria Diuk-Wasser,  Stefan Emler,  Durland Fish,  Jeremy Gray,  Klaus-Peter Hunfeld,  Benoit Jaulhac,  Olaf Kahl,  Sergey Kovalev,  Peter Kraiczy,  Robert S. Lane,  Reto Lienhard,  Per-Eric Lindgren,  Nicholas Ogden,  Katharina Ornstein,  Tobias Rupprecht,  Ira Schwartz,  Andreas Sing,  Reinhard K. Straubinger,  Franc Strle,  Maarten Voordouw,  Annapaola Rizzoli,  Brian Stevenson, Volker Fingerle. There is inadequate evidence to support the division of the genus Borrelia // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. – April 2017. – V.67. – p.1081-1084. Published Ahead of Print: 08 December 2016. DOI: 10.1099/ijsem.0.001717

2016

• Betekhtina A.A., Mukhacheva T.A., Kovalev S.Yu., Gusev A.P., Veselkin D.V. Abundance and diversity of arbuscular mycorrhizal fungi in invasive Solidago canadensis and indigenous S. virgaurea // Russian Journal of Ecology. – 2016. – V.47 (6). – p.575-579. Article first published online: 05 November 2016. DOI: 10.1134/S1067413616060035
• Бетехтина А.А., Мухачева Т.А., Ковалев С.Ю., Гусев А.П., Веселкин Д.В. Обилие и разнообразие арбускулярных грибов у инвазивного Solidago сanadensis и местного S. virgaurea // Экология. 2016. - №6. - с. 476-480.
• Kovalev, S.Y., Mukhacheva, T.A. Baltic lineage of tick-borne encephalitis virus: A putative evolutionary pathway // Ticks and Tick-borne Diseases. – 2016. – V.7. – p. 1209-1215. Article first published online: 25 July 2016. DOI 10.1016/j.ttbdis.2016.07.013
• Ковалев С.Ю., Мухачева Т.А. Унификация молекулярно-эпидемиологических исследований клещевого энцефалита // Вопросы вирусологии. 2016. – Т.61. – №2. – С.89-95. DOI:10.18821/0507-4088-2016-61-2-89-95
• Kovalev S.Y., Golovljova I.V., Mukhacheva T.A. Natural hybridization between Ixodes ricinus and I. persulcatus ticks evidenced by molecular genetics methods // Ticks and Tick-borne Diseases. – 2016. – V.7. – p. 113-118. Article first published online: 24 September 2015. DOI:10.1016/j.ttbdis.2015.09.005

2015

• Kovalev S.Y., Mikhaylishcheva M. S., Mukhacheva T.A.  Natural hybridization of the ticks Ixodes persulcatus and Ixodes pavlovskyi in their sympatric populations in Western Siberia // Infection, Genetics and Evolution. 2015. – V.32. – p. 388-395. Article first published online: 11 APR 2015. DOI: 10.1016/j.meegid.2015.04.003
• Mukhacheva T.A.,  Salikhova I.I.,  Kovalev S.Y.  Multilocus spacer analysis revealed highly homogeneous genetic background of Asian type of Borrelia miyamotoi // Infection, genetics and evolution. 2015. – V.31. – p. 257-262 (April 2015). Article first published online: 7 Feb  2015. DOI:10.1016/j.meegid.2015.02.009

2014

• Kovalev S.Y., Mukhacheva T.A. Tick-borne encephalitis virus subtypes emerged through rapid vector switches rather than gradual evolution // Ecology and Evolution – 2014. – V.4 (22). – p. 4307-4316. Article first published online: 23 OCT 2014. DOI:10.1002/ece3.1301
• Mukhacheva T.A., Kovalev S.Y. Borrelia spirochetes in Russia: Genospecies differentiation by real-time PCR // Ticks Tick-borne Dis. – 2014. – V.5 (6). – p. 722-726. DOI:10.1016/j.ttbdis.2014.05.016
• Kovalev S.Y., Mukhacheva T.A. Clusterons as a tool for monitoring populations of tick-borne encephalitis virus // Journal of Medical Virology, 2014. – V.86(2). – p. 283-289. Article first published online: 13 SEP 2013. DOI:10.1002/jmv.23732

2013

• Mukhacheva T.A., Kovalev S.Y. Multilocus sequence analysis of Borrelia burgdorferi s.l. in Russia // Ticks Tick-borne Dis. – 2013. – V.4(4). – p. 275-279. DOI:10.1016/j.ttbdis.2013.02.004
• Kovalev S.Y., Mukhacheva T.A. Clusteron structure of tick-borne encephalitis virus populations // Infect Genet Evol. – 2013. – V.14(1). – p. 22-28. Available online 27 November 2012. DOI:10.1016/j.meegid.2012.10.011
• Цаур ГА, Попов АМ, Плеханова ОМ, Кустанович АМ, Алейникова ОВ, Гиндина ТЛ, Демина АС, Друй АЕ, Ковалев СЮ, Кондратчик КЮ, Мисюрин АВ. Транслокация t (1;11)(p32q23) с образованием химерного гена MLL-EPS15 при острых лейкозах у детей и взрослых // Вестник гематологии. – 2013. – Т. 9(2). – с.53-54.

2012

• Ковалев С.Ю., Мухачева Т.А., Кокорев В.С. Проблема «смены» генотипа вируса клещевого энцефалита на Среднем Урале за последние 60 лет // Вопросы вирусологии. – 2012. – Т. 57, №4. – c.45-48.
• Ковалев С.Ю., Мухачева Т.А., Кокорев В.С., Беляева И.В. Референсный штамм Софьин вируса клещевого энцефалита и проблема его аутентичности // Сибирский медицинский журнал. – 2012. – №4. – c. 48-51.
• Kovalev S.Y., Mukhacheva T.A. Phylogeographical structure of the tick Ixodes persulcatus: A novel view // Ticks Tick-borne Dis. – 2012. – V.3 (4). – p. 212-218. Available online 30 May 2012. DOI:10.1016/j.ttbdis.2012.03.005 
• Kovalev S.Y., T.A. Mukhacheva, V.S. Kokorev, I.V. Belyaeva. Tick-borne encephalitis virus: reference strain Sofjin and problem of its authenticity // Virus genes. – 2012. – V.44(2). – p.217-24. Available online: 18 November 2011. DOI: 10.1007/s11262-011-0690-9

2011

• Romanenko V.V., Kovalev S.Y., Esiunina M.S., Ankudinova A.V. Tactics and strategy of vaccine prevention of tick-borne encephalitis in the Sverdlovsk region. In: TBE: new paradigms in a changing vaccination environment (13th ISW-TBE 2011). Vienna: Austria; 2011.
• Цаур, Г.А., Попов, А.М., Алейникова, О.В., Бойченко, Э.Г., Вержбицкая, Т.Ю., Волочник, Е.В., Иванова, А.С., Каленник, О.В., Ковалев, С.Ю., Кондратчик, К.Л. and Кустанович, А.М. Характеристика перестроек 11q23 (MLL) у детей первого года жизни с острым лимфобластным лейкозом // Онкогематология.  – 2011. – №3. – с.57-64.
• Ковалев С.Ю. и др. Происхождение и распространение вируса клещевого энцефалита сибирского субтипа на Среднем Урале, в Европейской части России и Прибалтийских странах / Инфекции, передаваемые клещами в Сибирском регионе // Новосибирск, Изд-во СО РАН. – 2011. – c. 117-139.

2010

• Kovalev S.Y., Kokorev V.S., Belyaeva I.V. Distribution of Far-Eastern TBEV subtype strains in the former Soviet Union // Journal of General Virology. – 2010. – Vol. 91. – №12. – p. 2941-2946. Article first published online: 1 September 2010. DOI:10.1099/vir.0.023879-0
• Цаур Г.А., А.М. Попов, Т.В. Наседкина, А.М. Кустанович, О.В. Каленник, С.Ю. Ковалев, Т.О. Ригер, Е.Р. Семенихина, А.С. Иванова, Ю.А. Яковлева, А.Е. Друй, Е.В. Шориков, О.В. Стренева, О.М. Плеханова, М.В. Стригалева, О.В. Алейникова, C. Meyer, R. Marschalek, Л.И. Савельев, Л.Г. Фечина. Перестройки гена MLL у детей с острыми лейкозами // Клинико-лабораторный консилиум. – 2010. – №4(35). – c.53-54.
• Tsaur G.,  Popov A.,  Kustanovich A.,  Ivanova A.,  Plekhanova O.,  Yakovleva Y.,  Shorikov E.,  Kovalev S.,  Misyurin A.,  Suchkova M.,  Aleinikova O.,  Meyer C., Marschalek R.,  Burmeister T.,  Saveliev L., Fechina L. Minimal residual disease monitoring in infants with MLL-EPS15-positive acute lymphoblastic leukemia // Pediatric Blood & Cancer. – 2010. – V. 55 (5). – p. 853-854.

2009

• Kovalev S.Y., Chernykh D.N., Kokorev V.S., Snitkovskaya T.E. and Romanenko V.V. Origin and distribution of tick-borne encephalitis virus strains of the Siberian subtype in the Middle Urals, the north-west of Russia and the Baltic countries // Journal of General Virology. – 2009. – V. 90. – №12. – p. 2884-2892. Article first published online: 4 August 2009. DOI:10.1099/vir.0.012419-0

2008

• Ковалев С.Ю., Умпелева Т.В., Снитковская Т.Э., Килячина А.С., Романенко В.В., Кокорев В.С., Глинских Н.П. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика вируса клещевого энцефалита на территории Свердловской области на основе качественной и генотипоспецифической ОТ-ПЦР // Вопросы вирусологии. – 2008. – Т. 53. – №2. – c. 27-32.
• Tsaur A., Ivanova A., Kovalev S., Misurin A., Suchkova M., Kustanovich A., Yakovleva Yu, Popov A., Shorikov E., Savelyev L., Aleinikova O., Fechina L. Detection and monitoring of minimal residual diseases for rare MLL rearrangements in infants' acute leukemia using quontitative real-time PCR assay // Haematologica - The Hematology Journal. – 2008. – V. 93, l. – p. 461-462.
• Tsaur, G., Kovalev, S., Misurin, A., Ivanova, A., Kustanovich, A., Popov, A., Saveliev, L., Aleinikova, O., Fechina, L. Development of quantitative real-time PCR assay for MRD monitoring of MLL/EPS15 fusion gene in infants' leukemia // Annals of Hematology. – 2008 – Vol.87. Supplement 1. – p. S5-S5. 
• Tsaur G., A. Ivanova, S. Kovalev, A. Misurin, M. Suchkova, O. Aleinikova, A. Kustanovich, Y. Yakovleva, L. Saveliev, L. Fechina Minimal Residual Disease Monitoring of MLL_EpS1S Fusion Gene in Infants' Acute Leukemia using euantitative Real_Time PCR Assay // Clinical Chemistry. – 2008. – V.54. – No.6. – Supplement, A164.

2005

• Kovalev S.Y., Kamaev E.Yu., Kravchenko M.A., Kurepina N.E., Skorniakov S.N. Genetic analysis of Mycobacterium tuberculosis strains isolated in Ural region, Russian Federation, by MIRU-VNTR genotyping // The International Journal of Tuberculosis and Lung Disease – 2005. – V.9(7). – p. 746-752.

2004

• Беляева И.В., Кирхнер Б., Ковалев С.Ю., Семкина Л.А. Таксономия, изменчивость и распространение Salix bicolor (Salicaceae) // Ботанический журнал. – 2004. – Т. 89. – № 2. – с. 286-300.

2003

• Ковалев С.Ю., Малюшенко О.И., Глинских Н.П. Генетические варианты вируса гепатита С, циркулирующие на территории Уральского региона // Вопросы вирусологии. – 2003. – Том 48. – № 5. – с. 11-14.

2000

• Kovalev S., Mateen A., Zaika AI., O'Hea BJ, Moll UM. Lack of defective expression of the ATM gene in sporadic breast cancer tissues and cell lines // International Journal of Oncology. –  2000. – V.16(4). – p. 825-31. DOI:10.3892/ijo.16.4.825

1999

• Zaika AI., Kovalev S.Yu., Marchenko ND, Moll UM. Overexpression of the wild type p73 gene in breast cancer tissues and cell lines // Cancer Research. – 1999. – V.59(13). – p. 3257-63. 

1998

• Kovalev S.Y., N.D.Marchenko, S.Swendeman, M. LaQuaglia, U.Moll. Expression level, allelic origin, and mutation analysis of the p73 gene in neuroblastoma tumors and cell lines // Cell Growth & Differentiation. 1998. – V.9. – p. 897-903. 
• Kovalev S., N. Marchenko, E. Chalas, J. Chumas, U. Moll. Loss of p53 function in uterine papillary serous carcinoma // Human Pathology. – 1998. – V.29(6). – p. 613-619. DOI:10.1016/S0046-8177(98)80012-9