Спецкурс «Прикладная биоинформатика», магистранты 1 года обучения

Данный курс призван показать студентам значимость биоинформатики в современных биологических исследованиях, привить навыки работы с международными базами биологических данных, нуклеотидными и аминокислотными последовательностями. Так как одним из ключевых умений современного ученого является способность разбираться во всё возрастающем объеме информации (научные данные и публикации) и умение донести свои данные до сообщества, часть курса посвящена обзору наиболее популярных библиографических баз данных и знакомству со специализированными программами для управления библиографическими ссылками (EndNote).

Краткий план спецкурса 

1. Введение. Цели и задачи биоинформатики.
2. Первичная обработка нуклеотидных последовательностей. DNAbaser.
3. Анализ  последовательностей (дизайн праймеров, поиск сайтов рестрикции, ORFs). PrimerBlast, NCBI ORFinder.
4. Регистрация последовательности в GenBank. Sequin.
5. Выравнивание последовательностей. MEGA5.
6. Филогенетический анализ. Построение филогенетических деревьев. MEGA5.
7. Базы данных по структурам и последовательностям белков. Визуализация 3D-структур.
8. PBD, UniProt, RasMol.
9. Моделирование 3D-структуры белка. EsyPRED.
10. Поиск научной литературы, работа с библиографическими менеджерами. PubMed, Scopus. ScienceDirect, eLibrary, Google Scholar, EndNote.  

 Презентации к лекциям

Глоссарий от Института биоинформатики

  После  каждой лекции студенты получают задание для проверки усвоенных знаний. Необходимым для получения зачета условием является оформление итогового проекта, требующего владения основными навыками работы с биологическими базами данных и выполнения основных этапов анализа последовательностей в зависимости от поставленной цели.